(1)犯罪的对象不同。非法拘禁罪的对象可以是任何人，没有特别的限制;但刑讯逼供罪的对象为犯罪嫌疑人、被告人。

(2)客观行为表现不同。非法拘禁罪表现为以拘禁或者其他强制方法非法剥夺他人人身自由的行为;而刑讯逼供罪则表现为使用肉刑或者变相肉刑逼取他人口供的行为。

(3)犯罪目的不同。非法拘禁罪是以剥夺他人人身自由为目的;但是刑讯逼供罪则是以逼取犯罪嫌疑人、被告人的口供为目的。

(4)犯罪主体不同。非法拘禁罪的主体为一般主体，而刑讯逼供罪的主体是特殊主体，是有权办理刑事案件的司法人员，即有侦查、检察、审判、监管职责的工作人员。

此外，在司法实践中还应当注意，司法工作人员为刑讯逼供而非法剥夺犯罪嫌疑人、被告人人身自由的，应以刑讯逼供罪一罪对行为人定罪从重处罚，而不能对其实行数罪并罚。对于非司法工作人员将他人人身自由剥夺并采用肉刑或者变相肉刑逼取口供的，应视具体情况而认定行为人的犯罪性质。如果行为人在非法拘禁中未使用暴力致人伤残、死亡，以非法拘禁罪对其定罪处罚;如果使用暴力致人伤残、死亡的，应以故意伤害罪、故意杀人罪对行为人定罪处罚。

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1、司法工作人员依照法定程序拘留、收容或者逮捕了人犯，后经查明无罪，立即予以释放的，这种情况属于错拘错捕，不是非法拘禁。但是，如果已经检察机关或者人民法院依法决定解除强制措施，有关执法人员仍拒不释放或者拖延释放的，则应视为非法拘禁的行为。

2、从司法实践看，非法拘禁他人时间较长的;非法拘禁他人具有殴打、侮辱等情节的;多次非法拘禁他人或者非法拘禁多人，造成很坏影响的;非法拘禁致使他人精神失常或自杀的;非法拘禁致人重伤、死亡的;非法拘禁造成其他严重后果的;等等，应以非法拘禁罪论处。如果非法拘禁行为情节显著轻微，危害不大的坝不构成犯罪。司法工作人员，对《刑事诉讼法》规定的期限，应严格执行。

3、如果在非法拘禁过程中，故意致人重伤或者故意将他人杀害的，或者对被害人进行殴打、侮辱的行为已达到犯罪程度的，则应依照刑法的有关规定实行数罪并罚。如果非法拘禁的行为同其他犯罪行为之间存在着牵连关系，如用非法拘禁的方法故意使被害人冻饿而死，就同时触犯了非法拘禁和故意杀人两个罪名，应当按照处理牵连犯的原则，择一重罪处罚，不必实行并罚。

4、以索债为目的，非法剥夺他人人身自由的，主要指社会上出现的因债权债务纠纷引起的“人质型”侵犯公民人身权利的行为，应视为非法拘禁，不能以绑架勒索罪论处。