1、由当事人协商解决。所谓协商解决是指土地纠纷发生以后，由当事人在自愿、互谅的基础上，按照有关法律规定，在不损害他人利益的前提下，直接进行磋商，自行解决纠纷的办法。协商解决后，当事人双方应当签署协议。

2、协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡人民政府或县级以上人民政府处理。

3、当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。当事人拒不履行发生法律效力的处理决定的，按照《行政诉讼法》的有关规定，由受理案件的人民政府国土资源行政主管部门报请作出处理决定的人民政府提出《强制执行申请书》，送交有管辖权的人民法院，申请人民法院强制执行。

律师补充：

农村集体土地确权登记发证是对农村集体土地所有权和集体土地使用权等土地权利的确权登记发证。农村集体土地使用权包括宅基地使用权、集体建设用地使用权等。农村集体土地所有权确权登记发证要覆盖到全部农村范围内的集体土地，包括属于农民集体所有的建设用地、农用地和未利用地，不得遗漏。确定农村集体土地所有权主体遵循“主体平等”和“村民自治”的原则，按照乡（镇）、村和村民小组农民集体三类所有权主体，将农村集体土地所有权确认到每个具有所有权的农民集体。凡是村民小组(原生产队)土地权属界线存在的，土地应确认给村民小组农民集体所有，发证到村民小组农民集体；对于村民小组(原生产队)土地权属界线不存在、并得到绝大多数村民认可的，应本着尊重历史、承认现实的原则，对这部分土地承认现状，明确由村农民集体所有；属于乡(镇)农民集体所有的，土地所有权应依法确认给乡(镇)农民集体。

【法律依据】

《中华人民共和国土地管理法》

第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。