2009年，国家税务总局发布《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号)，2010年又发布《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号)，用这两个文件明确了关于股权转让个人所得税计税依据核定的两种情形。

核定计税依据的两种情形

转让计税依据明显偏低的情形国税函[2009]285号文件只规定了“平价和低价转让等”属于申报的计税依据明显偏低的情形，但没有具体列示。2010年第27号公告则详细列举了计税依据明显偏低的五种情形，明确只要符合其中之一且无正当理由的，即可视为计税依据明显偏低，具体如下：

(1)申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的。

例：2009年9月，自然人李某以现金200万元投资创办一家企业。2011年2月，他以150万元的价格将80%的股权转让给刘某，截至转让前，被转让企业的净资产为250万元，其中注册资本为200万元，未分配利润和盈余公积为50万元。假设前提是属于“无正当理由”的转让，由于李某申报的股权转让价格150万元低于初始投资成本160万元(200万元×80%)，可认为该项股权转让计税依据明显偏低且无正当理由，税务机关可以对股权转让的计税依据进行核定。

(2)申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的。

(3)申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的。

(4)申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的。

(5)经主管税务机关认定的其他情形。

转让计税依据有正当理由的情形国税函[2009]285号文件只表述了计税依据明显偏低且无正当理由的情形，税务机关可进行核定，但对于何谓无正当理由，该文件并没有明确。就此，2010年第27号公告明确了“正当理由”的几种情形：所投资企业连续三年以上亏损;因国家政策调整的原因而低价转让股权;将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹，及对转让人承担直接抚养或赡养义务的抚养人或赡养人;经主管税务机关认定的其他合理情形。换句话说，除了上述几种情形为正当理由，其余情形若计税依据明显偏低，则认定为无正当理由。

计税依据的核定方法

针对股权转让个人所得税计税依据明显偏低且无正当理由的情形，2010年第27号公告明确了税务机关可采取的四种核定方法。

(1)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额，核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。

(2)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格，核定股权转让收入。

(3)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格，核定股权转让收入。

(4)纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。

此外，2010年第27号公告对纳税人再次转让所受让的股权，规定股权转让的成本为前次转让的交易价格及买方负担的相关税费。

例：张先生夫妇名下有一家企业，在企业上市前，他们将股权无偿赠予两个女儿。有人疑问，夫妇俩是否应当缴纳个人所得税?根据国税函[2009]285号第四条规定，对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。而由于2010年第27号公告把“将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人”列入正当理由。所以，张先生夫妇无偿赠与亲属股权的行为可理解为计税依据虽明显偏低，但有正当理由，可视同为按公平交易价格进行的交易。而且，夫妇俩没有股权转让收入且无股权转让所得，因此无需缴纳个税。当然，如果受赠方不是夫妇俩的亲属，即不属于2010年第27号公告所列举的情形，主管税务机关可按规定向其核定征收个税。