一、征地拆迁中，应该与哪个部门签定拆迁协议?

依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，房屋征收拆迁补偿协议，应该由被征收人与房屋征收部门进行签订。

相关法律规定：

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。

被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

第二十七条实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。

作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。

任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。

第二十八条被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。

强制执行申请书应当附具补偿金额和专户存储账号、产权调换房屋和周转用房的地点和面积等材料。

二、土地征收应当严格按照法律程序签订征地补偿协议，具体程序为：

1、市、县国土资源局在被征用土地所在地的村范围内发布征地通告，告知被征用土地的村集体经济组织和村民：征地范围、面积、补偿方式、补偿标准、安置途径以及征地用途等。通告后抢栽、抢种的农作物或者抢建的建筑物不列入补偿范围。

2、市、县国土资源局会同被征地所在地的乡镇政府就征地通告的内容征询村集体经济组织和农民的意见，有不同意见的应记录在案，根据村委会或村民提出的意见分别处理并协调解决。

村委会或村民对补偿标准、安置途径、补偿方式有异议的，市、县国土资源局或被征地所在的乡镇政府，应告知被征地相对人有权提出听证申请，并依法组织听证。

3、市、县国土资源局会同被征用土地的所有权人、使用权人实地调查被征土地的四至边界、土地用途、土地面积，地上附着物种类、数量、规格等，并现场填制调查表一式三份，由国土资源局工作人员和所有权人、使用权人共同确认无误后签字。

4、被征地农村集体经济组织或者村民委员会应当就协议主要内容按照村民大会或者村民代表大会议事程序等民主程序作出决议。

村委会作为被征收主体的，签订协议后，农村集体经济组织或者村民委员会应当向农村村民公示征地补偿安置协议。