民办非企业单位注销时，注册资金处理：

1、在清偿完所有债务（包括员工工资，物业费用等）后可以返回在帐的剩余资金。

2、注册资金必须在公司注销前取出来并销户。民办非企业单位举办者对其投入的资产不再拥有财产权和处置权。剩余财产的处理，应当接受业务主管单位、登记管理机关和其他有关机关的监督。

一、民办非企业单位注销原因是什么

民办非企业单位注销原因有自行解散的，分立、合并的，或者由于其他原因需要注销登记的。

民办非企业单位在办理注销登记前，应当在业务主管单位和其他有关机关的指导下，成立清算组织，完成清算工作。清算期间，民办非企业单位不得开展清算以外的活动。民办非企业单位法定代表人或者负责人应当自完成清算之日起15日内，向登记管理机关办理注销登记。

办理注销登记，须提交注销登记申请书、业务主管单位的审查文件和清算报告。登记管理机关准予注销登记的，发给注销证明文件，收缴登记证书、印章和财务凭证。

登记管理机关收到申请注销登记的齐全材料起30日内，对准予注销的，发给注销证明文件，并在相关报刊上发布公告。公告费用由被注销的民办非企业单位支付。

二、民办非企业单位清算财产归属

注销民办非企业清算财产分配归投资人所有。剩余财产按有关法律、法规和《章程》规定处理。民办非企业单位举办者对其投入的资产不再拥有财产权和处置权。剩余财产的处理，应当接受业务主管单位、登记管理机关和其他有关机关的监督。

三、民办非企业单位注销原因

民办非企业单位自行解散的，分立、合并的，或者由于其他原因需要注销登记的，应当向登记管理机关办理注销登记。民办非企业单位在办理注销登记前，应当在业务主管单位和其他有关机关的指导下，成立清算组织，完成清算工作。清算期间，民办非企业单位不得开展清算以外的活动。民办非企业单位法定代表人或者负责人应当自完成清算之日起15日内，向登记管理机关办理注销登记。办理注销登记，须提交注销登记申请书、业务主管单位的审查文件和清算报告。登记管理机关准予注销登记的，发给注销证明文件，收缴登记证书、印章和财务凭证。