(一)思想观念转变慢，缺乏绩效审计的主动性和创新意识。

由于长期受传统财务收支审计影响，相当一部分人员对绩效审计了解不够，审计中很少主动关注绩效审计内容，甚至一涉及绩效审计内容就面生难色，认为无法做到。有的认为在现有的条件下，根本不具备开展绩效审计的能力;有的认为绩效审计主要是西方国家的产物，不符合中国的国情，在当前审计任务非常繁重的情况下没有必要去搞。同时，由于大部分审计人员对绩效审计的认知也仅限于表象，没有深入了解它的实质，对于如何操作更是知之甚少，造成绩效审计工作的进展缓慢，效果也不够明显。截至目前，甘肃省除了在1996年对某亏损企业进行了效益审计试点外，之后再没有进行全面的国有企业绩效审计，在常规企业财务收支审计项目中涉及绩效审计内容也是极少量的，照此下去很难实现到审计署规划到2012年所有的审计项目都开展绩效审计的目标要求。

(二)绩效审计法律法规不健全，审计结果运用也不尽人意。

《审计法》、《审计法实施条例》、《审计准则》等法律法规中都对绩效审计规定简单、不具体，缺乏操作性和指导性，造成评价标准不统一，审计人员进行专业判断时依据不足。同时由于受审计人员的知识结构、阅历、综合素质等影响，不同的审计人员收集的审计证据的角度和得出的评价结论也往往也不一样，增加了审计结果的不确定性，在一定程度上也加大了审计风险。同时对绩效审计结果运用不像落实审计决定那样带有刚性，绩效审计结果可能会存在不被重视或难以利用的情况，影响了绩效审计效果并挫伤了审计人员积极性。

(三)企业绩效审计人才缺乏，工作推动技术难度大。

由于企业经济活动的复杂性决定了企业审计相对于其他在各专业审计具有业务复杂、技术要求高、工作量大等特点，开展企业绩效审计不仅要检查企业经济活动的真实合法性，更要检查评价国有企业资源的消耗、利用和配置状况及营利目标实现程度，既对经济活动的经济性、效率性和效果性进行审计，以此评价企业经济活动事项动事项是否做到：最少的资源消耗、最大的资源利用、实现目标成果最佳。这对审计人员的专业素质和综合分析能力要求都很高，审计团队需要更加优化、科学、合理的知识结构。目前，我国审计人员大多是学习财务和审计专业出身，审计组很难有一名工程技术类的人员，审计人员靠自身努力学习其他专业知识的能力和条件有限，造成工程及管理、计算机等其他专业人才缺乏，很难做出有深度、全面的、有价值的绩效审计结论，在实际工作中主要是依靠和利用相关部门组织的验收、鉴定等结论或被审计单位的计量数据等进行绩效分析评价，如果相关部门工作滞后，被审计单位基础工作差，绩效审计目标将无法实现。