(一)、一般诉讼时效

一般诉讼时效是指行政诉讼法所规定的进行行政诉讼活动的诉讼时效，环境行政诉讼作为行政诉讼的有机组成部分，当然适用行政诉讼法上的诉讼时效。

我国《行政诉讼法》第38条规定：“公民、法人或者其他组织向行政机关申请复议的，复议机关应当在收到申请书之日起两个月内作出决定。法律、法规另有规定的除外。申请人不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不做决定的，申请人可以在复议期满之日起15日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。”第39条规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。法律另有规定的除外。”

根据《行政诉讼法》的上述规定，我国环境行政诉讼的诉讼时效分为两种：一是环境行政相对人直接向人民法院起诉的，其诉讼时效为3个月，从环境行政相对人知道作出具体行政行为之日起计算;二是环境行政相对人选择复议或者必须复议的，则为15天，从环境行政相对人收到复议书或复议期满之日起计算。

(二)、特殊诉讼时效

特殊诉讼时效是指由环境法所规定的不同于行政诉讼法的诉讼时效。由于环境行政诉讼存在许多与一般行政诉讼所不同的特质，特别是具体环境行政行为与生态保护和污染防治密切相关，同时也与人民的身体健康和企业的稳健发展晴雨相连，因此，环境法也制定了一些不同与行政诉讼法的特殊诉讼时效，如我国《环境保护法》第40条规定：“当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知之日起l5日内，向作出处罚决定的机关的上一级机关申请复议;对复议决定不服的，可以在接到复议决定之日起15日内，向人民法院起诉。当事人也可以在接到处罚通知之日起15日内，直接向人民法院起诉。当事人逾期不申请复议、也不向人民法院起诉、又不履行处罚决定的，由作出处罚决定的机关申请人民法院强制执行。”《水污染防治法》第54条规定：“当事人对行政处罚决定不服的，可以在收到通知之日起15天内，向人民法院起诉;期满不起诉又不履行的，由作出处罚决定的机关申请人民法院强制执行。”《森林法》第17条规定：“当事人对人民政府的处理决定不服的，可以在接到通知之日起1个月内，向人民法院起诉。”根据特别法优于一般法的原则，在环境行政诉讼中，凡是诉讼时效环境法作了规定的，优先适用环境法的规定，只有在环境法对诉讼时效未做规定的情况下，才适用行政诉讼法上的一般诉讼时效。

(三)、最长诉讼时效

最高人民法院《关于执行(中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第42条规定：“公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该具体行政行为内容之日起计算。对涉及不动产的具体行政行为从作出之日起超过20年、其他具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。”由于我国相关的环境法没有对最长诉讼时效作出规定，因此，这一关于行政诉讼最长诉讼时效的规定也应适用于作为行政诉讼组成部分的环境行政诉讼。