非法侵占土地使用权的，需要根据情节严重性进行处理。

具体处理办法，根据《土地管理法》第七十六条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。

根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条规定：

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

农村土地被侵占，权利人可以通过以下方式维权：

1、与直接侵权人协商处理，要求停止侵权行为；

2、找当地村委会，派出所进行调解处理；

3、收集侵权的证据，然后去法院起诉，要求停止侵权，排除妨碍。

二、土地纠纷的行政调解和处理

（一）当事人协商不成的，应申请人民政府国土资源行政主管部门调解。国土资源行政主管部门进行调解时应在双方平等自愿的基础上进行。调解时，应做到以下几点：

1、查明事实，分清是非，明确责任；

2、依照法律法规、政策进行耐心的说服工作，讲明利害关系；

3、既要符合法律法规，有原则性，又要有灵活性；

4、争取有关部门的配合与支持。

当事人在国土资源行政主管部门主持下自愿达成的协议，应当由国土资源行政主管部门审查批准和双方当事人盖章。调解协议书一经送达当事人，即发生法律效力，成为双方当事人履行法律的依据。

（二）如果当事人不愿调解或不服调解，或在调解成立后调解协议书送达前反悔的，依照法律规定，都可以直接要求人民政府处理。

人民政府处理即所谓的行政处理。《土地管理法》第十六条规定，单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议由乡级或者县级以上人民政府处理。乡级人民政府处理的土地纠纷主要是因为主体一方或双方为个人的土地权属争议，争议范围不大，数量少，情节不太复杂。为了及时解决土地纠纷，方便群众，这类纠纷宜由乡级人民政府处理。但是情节复杂，影响较大的权属争议，处理后牵涉登记、发证，因乡级人民政府无权登记、发证，应由县级人民政府处理为妥。但乡级人民政府可以承担受理。

行政处理是仲裁的一种形式，可参照《仲裁法》相关规定进行。国土资源行政主管部门进行处理时，要按照国土资源部《土地权属争议调查处理办法》规定的程序进行，应先认真审阅争议双方提交的申请书、答辩书及有关证据材料。要调查事实、核实证据、查阅有关历史资料和原始凭证，并可请有关部门协助调查或现场勘察。在争议的基本事实调查清楚后，依据土地管理有关法律法规作出处理决定。

处理后，要制作《土地纠纷处理决定书》，决定书要写明下列各项：

1、申请人和被申请人的姓名、地址以及代理人、代表人的姓名、职务；

2、申请理由，争议的事实和要求；

3、处理认定的事实、理由和适用的法律；

4、处理结果；

5、不服处理的补救措施等。