据统计，自1998年至2008年，在我国管辖海域共发生733起船舶污染事故，这些污染事故给我国海洋环境造成了巨大的损害，需要完善船舶污染事故损害赔偿制度，以保障船舶污染事故造成的损害能够得到合理赔偿。条例根据《海洋环境保护法》、《中华人民共和国海商法》(以下简称《海商法》)以及我国加入的《国际油污损害民事责任公约》等国际公约的规定，对船舶污染事故损害赔偿制度作了以下四个方面的规定。

一是规定了船舶污染事故的赔偿原则，即造成海洋环境污染损害的责任者，应当排除危害，并赔偿损失;完全由于第三者的故意或者过失，造成海洋环境污染损害的，由第三者排除危害，并承担赔偿责任。

二是根据《海商法》的规定，明确了船舶污染事故损害赔偿限额制度。条例规定，船舶污染事故的赔偿限额依照《海商法》关于海事赔偿责任限制的规定执行。但是，船舶载运的散装持久性油类物质造成中华人民共和国管辖海域污染的，赔偿限额依照中华人民共和国缔结或者参加的有关国际条约的规定执行。

三是建立了船舶油污损害民事责任保险制度。为了保障发生船舶污染事故后，污染损害能够得到合理赔偿，同时也为了防止航运企业因船舶污染事故赔偿导致破产，条例根据《海洋环境保护法》和我国加入的有关国际公约的规定，并兼顾我国小型油轮多，事故率高，赔付能力差，以及1000总吨以上大型非油轮发生燃油污染事故后，造成的后果比较严重的情况，规定除1000总吨以下载运非油类物质的船舶外，在中华人民共和国管辖海域内航行的船舶，其所有人应当按照国务院交通运输主管部门的规定，投保船舶油污损害民事责任保险或者取得相应的财务担保。

四是目前我国进口原油90%以上通过海上运输，运输持久性油类物质货物的船舶发生污染事故的风险较大，一旦发生船舶油污事故，会给海洋环境造成重大损害，带来巨额赔偿，仅仅依靠船舶投保的船舶油污损害民事责任保险难以合理地进行赔偿。为此，条例细化了《海洋环境保护法》有关船舶油污损害赔偿基金的制度，规定在中华人民共和国管辖水域接收海上运输的持久性油类物质货物的货物所有人或者代理人应当缴纳船舶油污损害赔偿基金。船舶油污损害赔偿基金由有关行政机关和主要货主组成的船舶油污损害赔偿基金管理委员会负责管理。