刑事证据不足民事赔偿案件不会留下案底。

民事纠纷的主体之间法律地位平等，其内容是对民事权利义务的争议，同时，民事纠纷具有可处分性，故民事纠纷不会留下案底。

民事纠纷由法院负责管辖并裁决，法院会对民事纠纷案件存档。所以在民事纠纷案件中，法院会有案件记录。但案件记录只是法院的案件档案，不是行政处罚案底也不是刑事犯罪案底。

一、民事纠纷的处理机制是怎么样的？

1、自力救济

自力救济，包括自决与和解。它是指纠纷主体依靠自身力量解决纠纷，以达到维护自己权益的目的。自决是指纠纷主体一方凭借自己的力量使对方服从。和解是指双方互相妥协和让步。

2、社会救济

社会救济，包括调解(诉讼外调解)和仲裁。他是只依靠社会力量处理民事纠纷的一种机制。

调解是由第三者(调解机构或调解人)出面对纠纷的双方当事人进行调停说和，用一定的法律规范和道德规范劝导冲突双方。调解协议不具有法律上的强制力，但具有合同意义上的效力。

仲裁是由双方当事人选定的仲裁机构对纠纷进行审理并作出裁决。仲裁不同于调解，仲裁裁决对双方当事人有法律上的拘束力。

3、公力救济

公力救济，包括诉讼和行政裁决。民事诉讼是指法院在当事人和其他诉讼参与人的参加下，以审理、判决、执行等方式解决民事纠纷的活动，以及由这些活动产生的各种诉讼关系的总和。

二、什么是案底？

1、刑事案底

一般案底是说你在犯罪后被抓获的证据证明，现在使用省厅指纹比对系统后，全部录入作为以后比对使用。一般是刑事案件。

2、治安处罚案底

一般治安处罚案件是不会的，有时候说是留案底，其实是在他所处罚的案件中，并且上报市公安局的，并不会全国性质的。要区分刑事案件和治安案件的区别。

3、行政处罚存档

行政处罚属于一般违法行为，生活中非常常见，比如：开套牌车被罚款、无照驾照机动车拘留15日等，公安机关不可能进行联网，仅仅在当事机关(本案中进行拘留、罚款的公安机关)有存档，但是，该存档并没有强制保留时间，理论上公安机关在当事人丧失行政复议、行政诉讼、行政赔偿诉讼的请求权之后，这些档案都可以不必保留。保留的只供单位自己查询。