股权转让与土地转让的根本区别在于，股权转让是虚拟资本的转让，不能认定为任何特定实体资产的转让，股东取得股权，意味着取得了对公司一定程度的财产支配参与权与收益分配权，而不是某个特定财产的拥有权，只有在公司财产分割时才能确认具体财产的权益。即使在极端的情况下(如公司仅有土地或设备)，也不能理解为特定财产的转让。

股权转让与土地使用权转让特质的不同，使二者在实际操作中存在着一系列差异。

一、构成要件不同

在土地使用权转让中，转让的标的是土地使用权，转让的主体是土地使用权人，因此构成土地使用权转让行为应具备两个条件：一是土地使用权发生了转移，是在原来合法使用基础上的再次转移;二是土地使用权转移行为存在于两个民事主体——土地使用权人之间，即转让方、受让方必须在同一时点同时存在。在这种方式下，转让双方直接以合同方式约定土地使用权买断性转移的权利和义务，转移后转让方不再享有土地使用权。

有限责任公司的股权转让，分为股东之间的转让和向股东以外的人转让。在股权转让中，转让标的是股东登记依法所享有的公司股份，股东权利和股东责任，而不仅仅是公司出资人的出资额，更不是他曾拥有的包括土地使用权在内的公司某项现实财产。股权转让主体之间的关系表现为公司股东之间与股东和其他第三人之间的关系。因此，构成股权转让行为应具备两个条件：一是公司股权发生了转移，在股权转移中股东构成发生变动;二是股权转移行为发生在一个民事主体即公司法人内部。就土地使用权而言，公司依法取得土地使用权后，土地使用权作为法人财产时已表现为货币化或股份化的形式，是公司法人财产的一部分。股东依法转让股权时，土地使用权的公司法人财产性质未发生改变，不属于土地使用权转让的范畴。

二、由不同的法律所调整

土地使用权转让受《土地管理法》、《城市房地产管理法》、《土地管理法实施条例》等一系列与土地使用权转让有关的法律法规调整。这些法律法规明确规定了土地使用权转让的概念、转让方式及转让条件。股权转让则适用《公司法》、《证券法》等一系列有关法规调整。

三、转让条件不同

以出让土地使用权为例，《城市房地产管理法》第三十八条规定：以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当符合下列条件：(一)按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书;(二)按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。转让房地产时房屋已经建成的，还应当持有房屋所有权证书。

股权转让根据受让人的不同分为内部转让和外部转让。就内部转让而言，因为股东之间股权的转让只会影响内部股东出资比例即权利的大小，对重视人合因素的有限责任公司来讲，其存在基础即股东之间的相互信任没有发生变化。所以，对内部转让的实质要件的规定不很严格，通常可以自由转让，或按公司章程可以对股东之间转让股权附加其他条件。但对外部转让来说，由于有限责任公司具有人合属性，股东的个人信用及相互关系直接影响到公司的风格甚至信誉，所以各国《公司法》对有限责任公司股东向公司外第三人转让股权，多有限制性规定。

如我国《公司法》规定，股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。

四、登记部门不同

土地使用权发生转让的，双方当事人应依法申请办理变更土地登记。有限责任公司股权发生转让的，无需办理变更土地登记。如果认为股权发生转让就必须办理变更土地登记，那么，上市公司的股权每天都因股票的买进卖出而发生变动，国土资源部门如何根据千变万化的股市来进行土地登记?

不过对于合伙企业来说，其转让股权时存在应办理变更土地登记的情况。这是因为，合伙企业中股东变化的主要形式是退伙与入伙，股东转让股份的情形并不多见。合伙的财产主要由合伙人出资形成的财产和合伙经营积累的财产构成。合伙人出资财产中，若以土地使用权出资的，出资人并不因出资行为而丧失土地使用权，其使用权仍属于出资人，合伙企业只享有使用和管理权。因此对此类出资，在合伙人转让其财产份额时，一般应办理土地使用权转让登记。

五、发生税费不同

土地使用权转让时，发生的税费有营业税、土地增值税、所得税、印花税、契税等。股权转让时，主要涉及企业所得税或个人所得税等。

从上述区别和实践上讲，土地使用权转让和股权转让分属两个不同的范畴。不能因为股权转让中的实体资产转让内涵而认定规避了有关税费。任何税费的征收，都是对特定的交易而言，如，增值税是针对销售货物和相关劳务征收，土地税收是针对土地交易或保有征收。而对虚拟资本的交易，你如何划分哪是土地交易，哪是设备交易，哪是货物交易?如果说，股权交易逃避了有关土地税费，那么是否也规避了增值税、营业税等税收?

以土地使用权转让的形式实施土地开发利用，和以公司股权转让的重组方式实现土地开发利用，对加快土地开发利用，提高土地利用效率都是有利的，是合法的方式，甚至是政策目的所在。而当前，以股权转让实施房地产开发的现象十分普遍，也的确存在着开发商恶意串通，规避法律、牟取非法利益的问题。这就要求我们加强对土地使用权转让和股权转让的研究，完善土地市场交易规则，完善相关税收政策，进一步规范国有土地使用权的转让活动，真正优化配置土地资源，提高土地利用效率。