1、认定的违法事实应当有充分必要的证据予以证明，尽量避免形成孤证。所收集的证据，应运用逻辑推理和环保专业知识进行全面、客观、公正地分析判断，确定证据材料与案件事实之间的证明关系，排除不具有关联性的证据材料。

2、坚持“先取证后决定”的原则，所有证据的收集必须在作出处罚决定之前完成。

3、证据的取得应具有合法性，以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据材料，以及严重违反法定程序收集的证据材料不能作为处罚的证据。

4、所有证据应当尽可能是原件。原本、正本和副本均属于书证的原件。

5、所有制作的调查笔录等书证应当使用蓝黑色或黑色水笔填写，要求字迹工整、书写清楚，尽量做到无涂改、无错别字。

一、重要证据分类

1、询问或者检查应当制作笔录。

2、作为处罚证据的监测报告，必须有CMA标志和监测字号。出具监测报告的单位应具备相应的资质。监测报告应当载明监测的项目、依据，使用的科技手段、执行的标准、所采样品的超标情况等事项，其采样、监测方法、审核、签发等人员必须具备相应的资格，并有分析、审核、签发人员签名和监测部门的盖章。

3、计算机数据、照片或者录音、录像等视听资料。

4、当事人的陈述、谈话笔录，公民的举报、控告、投诉、信访的信件，领导签批办理的信件，行政调查时的会谈、会议纪要，以及与案件有关的报表、图纸、会计账册、专业技术资料、科技文献等都应当收集为证据。

二、常见环境违法行为调查取证的主要内容

1、被处罚主体身份证明。是法人的，提供企业营业执照复印件或企业工商登记等能证明企业主体身份的证据材料，是自然人的，提供经营者的身份证复印件。

2、能证明或描述违法事实的调查笔录。并应附有被调查询问对象的身份证明(委托书，企业对其出具的身份证明或身份证复印件等)。

3、未按规定进行污染物排放申报登记(逾期不登记、逾期不变更登记、不执行年度排污情况自查并上报结果、擅自拆除或闲置污染防治设施后未变更，经环保部门指出仍不改正排污申报登记错误内容)

4、要求进行排污申报的公告(通知)；

5、限期申报的通知及送达回执；

6、排放污染物申报登记表和变更申报表；

7、污染防治设施运转情况现场勘验笔录、照相、摄像、录音等视听材料；

8、环保部门有关改正排污申报登记错误内容的通知；

9、其它证明材料。