依据我国相关法律的规定，竞业禁止协议补偿金是单独补偿的，如果协议是约定补偿金包含在工资里面的，协议是无效的。

《劳动合同法》第二十四条

竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。

在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》

第六条当事人在劳动合同或者保密协议中约定了竞业限制，但未约定解除或者终止劳动合同后给予劳动者经济补偿，劳动者履行了竞业限制义务，要求用人单位按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30％按月支付经济补偿的，人民法院应予支持。

前款规定的月平均工资的30％低于劳动合同履行地最低工资标准的，按照劳动合同履行地最低工资标准支付。

一、竞业禁止补偿金支付标准

竞业限制是通过对劳动者自由择业权利进行一定程度的制约来保护商业秘密的一种手段，制约的对象包括在职职工和离职职工。对在职职工而言，竞业限制属于默示的法律义务，对离职职工而言，则必须来源于竞业限制协议的设定，而竞业限制协议的签订一般要以用人单位支付一定的补偿金为代价。

本文认为，竞业限制经济补偿金的支付既有法律强制性规定，也存在约定为主，法定为辅的内容。具体来说，可以从以下三个方面来概括：

1、在支付时间上法定

法律有明确的规定，即竞业限制补偿金的支付在终止或者解除劳动合同后。《劳动合同法》第三十二条第二款规定，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。我们认为约定在终止或者解除劳动合同后，给予劳动者经济补偿属于法律的强制性规定，法律已经对当事人约定经济补偿的支付时间给予了强制界定。

2、支付标准和支付形式

我国的关于劳动方面的法律法规并没有明确规定竞业限制的补偿标准和支付方式，仅有司法解释作支撑。因此，当事人可以约定的是经济补偿金支付的标准和支付形式，若无约定或约定不明就适用司法解释。

3、对支付标准仅有司法解释，法律尚无明确规定

根据我国审理劳动争议案件的相关司法解释，当事人在劳动合同或者保密协议中约定了竞业限制，但未约定解除或者终止劳动合同后给予劳动者经济补偿，劳动者履行了竞业限制义务，要求用人单位按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30％按月支付经济补偿。

二、竞业禁止协议的适用范围

《劳动合同法》对竞业禁止适用范围、期限以及补偿方式均作出了明确规定，第23条规定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。