目前立案程序在我国司法实践中存在着很多问题，改革我国的立案程序，取消其独立地位，将其纳入侦查程序将具有重要的意义。立案程序本身存在的问题

1.立案条件的模糊性。概括我国刑事诉讼法第86条之规定，我国刑事诉讼的立案条件是：认为有犯罪事实，需要追究刑事责任。前者是事实条件，后者是法律条件。首先，从事实条件上看，刑法上的犯罪事实既包括客观条件又包括主观条件，是主客观的有机统一。因此，立案条件中的犯罪事实到底是一个客观事实还是主客观事实还是二者均有之?对此，刑事诉讼法的规定并不是很明确。其实，立案条件是为司法人员提供一个是否追诉的标准，而不是一个追诉的标准。我们不能把立案的标准和侦查审判的标准相混淆了。其次，从法律条件看，需要追究刑事责任，刑事责任是一个刑法概念，是指行为人实施犯罪行为后应该承担的法律后果，具体包括定罪量刑、仅定罪不量刑但给予非刑罚处罚、只判决有罪三种情形。定罪量刑是一种追究刑事责任的方式，仅定罪不量刑或只单纯的判决有罪也是追究刑事责任。我国刑事诉讼法规定：认为有犯罪事实，需要追究刑事责任的时候，应该立案。犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任时，不予立案。所谓的追究刑事责任是与给予刑罚处罚等同的。因为犯罪事实显著轻微作为前提，说明行为已经构成犯罪，只是情节轻微，不需要追究刑事责任，这种规定使一般的违法行为与犯罪的界限因与刑法的规定不一致而变得模糊不清。

2.立案任务的荒谬性。刑事诉讼法把立案的任务规定为：查明是否存在犯罪事实，是否需要追究刑事责任，从而决定是否启动侦查。从理论上看，这一任务并无不可，但在司法实践中，我们发现立案的这一任务具有一定的荒谬性。从立案的任务我们可以推论出立法上设定这一立案任务的前提应该是：犯罪事实在立案前便轮廓分明地显现在我们面前，通过立案，就可将犯罪事件确立为刑事案件，从而启动侦查。然而这一点在司法实践中是非常难实现的。因为在侦查人员还未实施侦查行为以前，案件还是处于模糊状态。倘若案件在立案时就已经明确，那么侦查程序就没有存在的必要了，进而立案程序又何需是启动是侦查程序的启动器呢?所以，无论从诉讼理论还是从司法实践上看，立案的这一任务都有一定的荒谬性。

3.立案功能实现的障碍性。首先，输入功能的先天不足。刑事案件首先要经过立案阶段才能进入诉讼程序，这是立案程序的输入功能。案件进入追诉机关的追诉范围有两个途径：一是追诉机关自己发现犯罪事实或犯罪嫌疑人，从而主动立案;二是通过被害人的起诉或第三人的报案、举报等提供的信息，发现犯罪事实。司法实践中，追诉机关主要是通过第二个途径立案的，这就在很大程度上阻碍了立案程序的案件输入功能。其次，过犹不及的过滤功能。如前所述，模糊的立案条件，使其变得难以掌控，缺乏可操作性。有犯罪事实，需要追究刑事责任的立案条件不免太过于严苛，从而降低了案件进入诉讼程序的可能性，不利于立案程序过滤功能的发挥，从而影响到国家刑罚权的实现。再次，人权保障是立案程序的沉重负担。刑事诉讼的启动程序被视为人权保障机制中的一个重要环节，因此，立案就承担起最初意义上的限制诉讼活动扩张的功能。但是，立案作为诉讼的初始阶段，往往没有对案件形成全面深入的认识，极为明显的可以判断为无罪或不需追诉的情况毕竟是少数，大多数情况下有罪或无罪的认定还须依赖后续诉讼程序。退一步讲，如果非要在立案阶段分清是非的话，那势必要动用相应的侦查措施，这样的话，不但不能保证嫌疑对象的合法权益，而且还可能因为缺少对调查行为在条件、方式和强度等方面的相应制约，导致嫌疑人的权益受到侵害情况的发生。因此，立案程序的这一功能的实现及影响是十分有限的。从一定意义上讲，这种权利保障价值的实现是以行为失范而造成的权利侵犯为代价而获取的。另外，模糊而苛刻的立案条件未必就能起到保障人权的作用。对于一般的刑事诉讼案件，由于立案与否的决定权在于侦查机关，使得通过适用立案标准限制侦查权扩张这一立法理想无疑会受到来自人性弱点的最严厉挑战。因为由决定是否立案的追诉人员来执行较高的立案标准，并希望通过这种较高的立案标准来抑制该追诉人员可能具有的扩张适用侦查权的倾向，这显然是极其困难的。