工程垫资是否合法这个问题，首先从广义层面理解，工程垫资是否合法区分为政府投资项目和非政府投资项目。1996年建设部、国家计委、财政部发布《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》中明确禁止工程垫资施工。2006年1月4日，建设部、国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行发布《关于严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设的通知》废止了原建设部、国家计委、财政部发布的《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》，明确规定政府投资项目一律不得以建筑业企业带资承包的方式进行建设，不得将建筑业企业带资承包作为招投标条件，将禁止垫资承包的项目范围限制在政府投资项目，意味着非政府项目建设单位和施工单位可以约定垫资承包。所以，从广义上讲，政府投资项目工程垫资不合法，非政府项目工程垫资因未明文禁止而合法。从狭义上讲，不论是政府投资项目还是非政府投资项目，我国法律并未禁止工程垫资，在私法领域，“法无禁止即自由”，且最高人民法院颁布的司法解释明确双方当事人可以在合同中约定垫资承包，故工程垫资属合法。

一、工程款支付流程

工程款的支付一般分为两个流程，预付款支付流程和进度款支付流程。预付款一般的支付流程是施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署申请表然后交给财务部；财务部复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审批通过的申请表交给出纳安排付款。工程进度款的支付流程比预付款稍微复杂，通常是施工单位先向工程部提交《工程进度款支付申请表》，并附上已完工程的预算书；工程部审核当月完成的项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员；预算专员审核已完工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，预算专员签字确认；之后，预算专员将签字确认的申请表上交财务部审核。财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批；施工单位根据审核审批通过的申请表中的金额开具发票；施工单位将审核审批通过的申请表以及相同金额的发票上交到财务部，财务部再次复核申请表的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。

二、拖欠工程款找哪个部门

拖欠工程款找建设行政主管部门或者建筑工程所在地的人民法院。双方可以先行协商，催告在合理期限内支付价款；协商不成的可以收集相关证据请求人民法院将该工程依法拍卖，就该工程拍卖价款受偿；或者承包人与发包人协议将该工程折价，就该工程折价款受偿。