刑事案件认罪认罚流程存在的缺陷是：庭审中简化尺度把握不准，达不到预期效果；以“被告人认罪”作为简化审的基础，容易导致“先定后审”；对“对自愿认罪的被告人酌情从轻处罚”的规定，幅度把握不准，出现量刑过轻的倾向等缺陷，这需要在今后的法律进行进一步的优化。

根据《刑事诉讼法》第一百一十八条规定，侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当首先讯问犯罪嫌疑人是否有犯罪行为，让他陈述有罪的情节或者无罪的辩解，然后向他提出问题。犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答。但是对与本案无关的问题，有拒绝回答的权利。

侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当告知犯罪嫌疑人如实供述自己罪行可以从宽处理的法律规定。

一、刑事案件认罪认罚流程存在的缺陷的具体内容

根据简化审《意见》的规定，我国已在形式上规定了被告人认罪的确认程序，普通程序简化审对一些审理环节的简化，除了满足司法机关快速审判的需求外，丝毫没有强调对被告人相关利益的保护，反而意味着相关权利的减损。此主要表现在以下几个方面。

1、庭审中简化尺度把握不准，达不到预期效果。刑事案件中，被告人是否自愿认罪，并不是一件很容易判断的事情。因为被告人很可能由于没有受过法律教育，知识水平很低，从而对于公诉人提出的指控理解不清，或者对于其作出的有罪答辩的后果没有一个准确全面的认识。实践中，有的被告人错误理解“对自愿认罪的被告人酌情从轻处罚”的规定，对酌情从轻处罚的期望值过高，而在判决后又感到失望，再提起上诉。一审无争议，二审期间展开诉讼对抗，但由于二审系终审，且诉讼条件不同，即使是开庭审，也难以充分保证被告人的权利，这也就使一审简化审提高诉讼效率、及时惩罚犯罪目的没有达到。

2、以“被告人认罪”作为简化审的基础，容易导致“先定后审”。按照刑事诉讼的一般原理，对于刑事案件的事实是否清楚、证据是否充分，只有在合议庭经过法庭审理以后才能确定。由于目前对普通程序简化审的前提是被告人承认指控的犯罪事实，且由于法庭在审理时简化了法庭调查、法庭举证和质证的重要程序与内容，缩短了合议庭对案件形成正确判决的时间和进程，必然造成法院加大庭前“实质性审查”的力度，并使法官形成庭前的预断，使庭审成为走过场，结果又回到了以前纠问式庭审“先定后审”的老路上去。

3、对“对自愿认罪的被告人酌情从轻处罚”的规定，幅度把握不准，出现量刑过轻的倾向。对自愿认罪的被告人判处刑罚从轻幅度过大，甚至比同样罪行的自首犯，量刑更轻。这样客观上造成了坦白比自首更能受到刑罚的优待，这显然与我国的自首制度和刑事政策相悖。

被告人不能得到律师的有效帮助。由我国现行刑事审判制度价值取向所决定，被告人在刑事诉讼中的防御能力和机会都受到了较多的限制，加之我国当前绝大部分人民群众法律素养普遍不高的实际国情，综合决定了目前在我国刑事审判中，控辩双方诉讼对抗力量是否平衡、被告人能否理性地行使程序选择权等，都在很大程度上取决于被告人在审查起诉与法庭审理过程中是否能够实际得到辩护律师的有效帮助。

在普通程序简化审中，被告人一旦认罪，一些对被告人至关重要的程序便会被简化掉，这在一定程度上会导致被告人获得辩护律师专业帮助的有效时间总量被大大缩减，最终影响了被告人即使在认罪情况下所应当有的质证权和辩护权必要且充分地行使。所以，目前在我国刑事诉讼制度对被告人诉讼权利保护机制不健全的情况下，对被告人适用普通程序简化审时，其应该享有的重要诉讼权利是否能够得到实际行使，确实值得怀疑。