不起诉是不可以申请国家赔偿的。我国有规定，二次补充侦查的案件如果在调查之后，人民检察院仍然认为证据不足不符合起诉条件的，应当做出不起诉的决定。只有做出这个决定之后才可以申请国家的赔偿。而且时间是有限制的，必须是在收到不起诉决定书第二日起的两年内提出国家赔偿申请。

一、证据不足法院怎么判决

证据不足法院的判决如下：

1、刑事案件中，秉承疑罪从无原则，即检方证据不足的，法院会依据刑法及刑诉要求，判决因证据不足，被告罪名不成立，做出无罪判决；

2、民事案件或行政诉讼案件中，是由双方递交证据的，法院根据证据进行裁判。证据不足的一方，有承担败诉的风险。

刑事案件中，证据不足的具体处理方式如下：

1、在侦查阶段，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院；

2、在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和其所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放；

3、在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。

二、轻伤二级检察院一定会不会起诉

不一定，如果达到人民检察院不起诉的条件的，可以作出不起诉的决定。

根据刑事诉讼法第175条第4款、第177条第1款的规定，不起诉分为法定不起诉和酌定不起诉两种类型。

(一)法定不起诉。包括两种情况，一是符合刑事诉讼法第16条规定的6种情形之一的，以及犯罪行为不是犯罪嫌疑人实施的，应当做出不起诉决定;二是对于经两次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，也应当做出不起诉的决定。

(二)酌定不起诉。指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，人民检察院酌情决定，可以做出不起诉的决定。

《刑事诉讼法》第175条第4款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

第177条第1款规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

三、退回补充侦查的案件还可以起诉吗

两次退回补充侦查的案件不可以起诉。

根据《刑事诉讼法》第一百七十五条，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。