1、对事实要件认定的自由裁量。

海事部门对当事人的行为性质和海事管理事项的性质认定酌情裁量。确认其行为是否违反水上安全监督管理秩序。并经过调查决定是否作出海事行政处罚。

2、判定情节轻重的自由裁量。

所谓情节是指事物发生、发展的因果关系和演变过程。海事违法行为的情节可以分为主观和客观两个方面。主观方面包括目的、动机、心理状态和态度表现等，客观方面包括时空、对象、方式手段和危害后果等。在实施海事行政处罚时，必须认真考虑上述主观和客观两个方面的违法情节。

在海事法律中，有不少法条规定的是酌定情节。即在量罚时，需由海事部门酌定违法情节的范围、程度和轻重。法条中经常可见根据不同情节、视情节严重、造成严重污染等模糊语言来概括、规定，其本身没有明确的内涵和外延，又缺乏认定情节轻重的法定条件，具体理解和适用，只有听凭海事执法人员去判定。如《水上安全监督行政处罚规定》第十八条：船舶不按规定办理变更或注销登记，或者使用过期的船舶国籍证书或临时船舶国籍证书，情节严重的，船籍港登记机关可以处以本规定第十六条规定的罚款数额的10%的罚款。

3、选择处罚的对象、种类和幅度的自由裁量。

我国现行海事法律、法规、规章规定，海事行政处罚主要有警告、罚款、扣留证书、吊销证书、没收船舶等。

对某一应受海事行政处罚的违反水上安全监督管理秩序行为，到底应如何决定处罚的对象、种类呢？根据处罚法定原则，当然要依据法律、法规的规定来决定。现行海事法律规定了三种类型：

第一，确定型。即对某种海事违法行为，海事法律明确规定了处罚对象、种类，应给予某种行政处罚。如《中华人民共和国船舶登记条例》第四十九条：假冒中华人民共和国国籍，悬挂中华人民共和国国旗航行的，由船舶登记机关依法没收该船舶。中国籍船舶假冒外国国籍的，悬挂外国国旗航行的，适用前款规定。

第二，选择型。即对某一海事违法行为，海事法律规定了可以选定处罚对象、幅度。如《水上安全监督行政处罚规定》第三十一条：有下列行为之一的，对违法船舶、设施处以5000元至10000元罚款；对违法人员处以300元至500元罚款。

第三，混合型。即对某一海事违法行为，海事法律规定了可以选定处罚对象，又规定了可同时选定另一种行政处罚或不处罚。如《水上安全监督行政处罚规定》第二十一条：有下列行为之一的，对违法船舶处以3000元至10000元罚款；对违法人员可视情节给予警告或处以100元至500元罚款。

此外，在对罚款数额的具体规定中，有的只规定了上限，有的既规定了上限，又规定了下限。如《防止船舶污染海域管理条例》第四十七条：对船舶所有人的罚款，最高额为人民币十万元。但对下列情况之一者，罚款的最高额为人民币一千元；又如《水上安全监督行政处罚规定》第二十六条：外国籍船舶未经批准，进入中华人民共和国内或港口，处以5000元至30000元罚款。从现有的海事法律规定中可以看出，罚款是所有行政处罚中用得最多、最广的一种，也是海事部门运用自由裁量权最频繁的一种。在此，关键在于把握两点：一是不要超出法定的范围和幅度；二是在法定的范围和幅度内不要畸轻畸重，显失公正。

4、选择行为时限的自由裁量。

海事法律中有些法条所规定的限期行政相对人履行某种义务，既未具体规定履行的期限，也未规定其履行的幅度。如《海上交通安全法》第二十二条：未经主管机关批准，不得在港区、锚地、航道、通航密集区以及主管机关公布的航路内设置、构筑设施或者进行其他有碍航行安全的活动。对在上述区域内擅自设置、构筑的设施，主管机关有权责令其所有人限期搬迁或拆除等规定。在这种情况下，海事部门就必须根据客观情势运用自由裁量权对履行的期限作出明确、具体的规定，规定的期限必须切实可行而又能体现严格执法，过短或过长都是不适当的。