环境行政处罚中指定管辖是上级行政机关指定下一级行政机关对某一具体的违法行为行使处罚管辖权的活动。行政处罚的指定管辖适用于对管辖发生争议的场合。所谓对管辖发生争议，是指两个或者两个以上的行政处罚主体在实施行政处罚时，发生相互推诿或者争夺管辖的现象。常见的行政处罚管辖争议主要包括以下几种：

(1)同一行政区域的不同业务部门之间发生的争议，如同属一县的工商行政管理部门与技术监督部门依照各自的部门法律规定，争抢某起“造假”案件的处理权；

(2)不同行政区域的相同业务的部门之间发生的争议，如甲省的计生主管部门和乙省的计生主管部门分别依照本地区的计生管理法规和流动人口管理法规，对同一当事人的超生第二胎行为行使管辖权；

(3)不同行政区域的不同业务部门之间发生的争议，如某市城市建设主管部门与乙县交通主管部门为处理城乡结合地带的道路交通运输管理案件发生争议；

(4)上级主管部门与下级人民政府之间发生的争议。由于不同类型管辖争议的主体不同，确定指定机关的方法也不相同。

一、指定管辖的适用条件

根据《民事诉讼法》第37条规定：“有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。”据此规定，在下列两种情况下适用指定管辖。

(一)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权

所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权；法律上的原因，如受诉法院的审判人员，因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。出现上述情况之一的，应由上级人民法院在其辖区内，指定其他适宜的人民法院管辖。

(二)因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议

所谓争议，包括相互推诿或者相互争夺。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。