在我国一些省市，政府对土地登记和房屋登记的分工有明确规定，即单纯的土地使用权抵押权，其上没有建筑物或构筑物的，在土地部门登记;而一旦土地上存在建筑物，无论是在建工程还是已建成的房屋，抵押权一律在房屋登记部门办理。这种情况下，土地使用权抵押后，抵押人如果想将此后新增的在建工程抵押，就要先在土地登记部门注销土地使用权抵押，然后在房屋登记部门办理在建工程抵押。这种做法可能给抵押权人带来一定的风险，即土地使用权抵押权注销后，在建工程抵押权的登记尚未办理完毕，则土地使用权和在建工程都被法院查封。因此，我们认为不应采取这一做法。

(二)在建工程抵押与商品房预售的关系

房地产开发企业以在建工程设定抵押权之后，能否进行商品房预售?这涉及到抵押财产转让的问题，对此我国许多地方房屋登记机构的实践做法不一样。

有些地方规定，债权人(通常是银行)必须出具解除抵押权的书面同意，并且由抵押权人、抵押人及商品房预购人三方签订预售商品房协议书，购买者按协议书约定将款项足额汇入指定的银行帐户。至于解除抵押权的方式，有些地方是一次性全部解除抵押权，有些地方则是预售一套，解除抵押一套。

对以在建工程抵押的能否进行商品房预售。有些地方的做法是不同的。首先，由当事人在抵押合同中约定(抵押当事人应当在抵押合同中约定：抵押期间地上房屋是否准予预售或销售，售出后是否解除抵押权。如约定同意预售或销售并约定售后即解除抵押权的，同时要约定同意预售或销售的房屋面积)。如果合同没有约定，抵押权人事后又同意的，抵押权人应出具书面证明，该证明要明确准予预售或销售的房屋的部位、面积、售出后的房屋及其占用的土地是否解除抵押权等内容。抵押当事人同意在抵押期间按套预售或销售房屋的，抵押人(开发商)在售出每套房屋后，不再分别办理变更抵押登记，而是每六个月办理一次注销登记手续。对于这种抵押合同中约定同意预售并售后解除抵押权或事后同意预售并售后解除抵押权的，登记机构对于已售出的房屋可办理交易过户、房产登记手续。其次，如果抵押合同中没有约定或者抵押权人事后也没有同意预售房屋，则不能预售;第三，如果抵押合同中约定可以预售或者事后抵押权人书面同意预售，但是售后房屋并不解除抵押权的，则该房屋可以预售，只是此时已售出的房屋仍设定有抵押权，购房人领取的房屋所有权证中应注记抵押情况。