法院将案件退回检察院还有第二种可能，即法院建议检察院撤回起诉。

首先，在司法实践中，因为各种因素的考虑，如果法院认为一个刑事案件对当事人定不了罪(包括法律适用、案件定性的问题，也包括证据不足问题)，法院一般不会贸然作出无罪判决。

如果法院认为检察院的指控无法成立，贸然对当事人作出无罪判决，这无疑中会“得罪”检察院，也使检察院陷入错案追究的不利境地。基于此，一般情况下法院都会和检察院“商量”一下，即建议检察院“主动”撤回起诉。

其次，实务中法院建议检察院撤回起诉主要有两种情况：

其一，如果法院不和检察院“商量”贸然作出无罪判决，检察机关极有可能会抗诉，案件到了上级法院后就存在改判的风险。如果上级法院改判，对于下级法院来说就是办了一个错案，这是法院基于自身的考虑;

其二，部分检察院为了业务考评而追求“有罪判决率”，对于特定的案件会与法院进行“沟通”，要求法院在有可能做出无罪判决时提前提出建议，这样检察院可以“主动”撤回起诉，防止“误伤”。

在案件审理的过程，法院如果发现对案件的认定有错误，或者提供的证据不足等情况，可以将案件退回检察机关进行重新审查。一般情况下，如果是法院在法律适用过程中，发现案件的证据不足或者犯罪事实不能进行明确认定的话，那么当事人可以会被无罪释放，具体情况需要由司法机关认定后进行。

一、批捕证据不足退查怎么处理？

如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。

如果在检察院审查起诉阶段，检察院会建议公安撤回案件，检察院也可以直接做不起诉处理。

如果在法院审判阶段，法院可以判处无罪。

1、审查立案阶段从严格意义上讲，自诉案件在审查立案阶段尚未进入刑事诉讼程序，对于被害人(或起诉人)向人民法院提起刑事自诉，人民法院经审查后，发现证据不足作何处理。

虽然刑事诉讼法及相关司法解释未作明文规定，但是，人民法院应和审查民事、行政案件立案时一样，应当作出不予受理的书面裁定，以对被害人(或起诉人)的起诉权作出积极明确的否定评价。

2、立案后至开庭前阶段自诉案件在此阶段已经进入刑事诉讼程序，但尚未进入案件实体审理阶段。

依照《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第一百七十一条第(一)项规定，自诉案件开庭审判应当同时具备犯罪事实清楚、有足够的证据两个条件。

而对于证据不足的自诉案件，是不具备开庭审理条件的，显然人民法院不应开庭审理，而应责令自诉人限期补充证据，在自诉人补证不足的情况下，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回自诉人的自诉。

3、开庭后至宣判阶段自诉案件在此阶段已经进入案件实体审理环节。

《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第二百零五条规定：“审理自诉案件，应当参照刑事诉讼法第一百六十二条和本解释第一百七十六条的有关规定作出判决。”。

《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第一百六十二条第(三)项规定：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决”。上述解释第一百七十六条第(四)项规定：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当以证据不足，指控的犯罪不能成立，判决宣告被告人无罪。”。

依照上述法律及司法解释的规定可以看出，自诉案件一旦经过开庭进入实体审理阶段，人民法院发现证据不足，应当依法对被告人作出实体判决，以证据不足判决宣告被告人无罪，而不能裁定驳回自诉人的自诉。当然，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。