施工合同的补充协议还需要备案，施工合同要求备案是建设部做出的规定，补充协议作为合同的组成部分，也应按照建设部的要求到主管部门备案。由于建设部所做规定不属于法律、行政法规，因此，施工合同未备案并不必然导致合同无效。

未备案的建设工程施工合同补充协议效力如何？

建设工程领域中的“黑白合同”是指建设工程施工合同的当事人就同一建设工程签订的两份或两份以上实质性内容相异的合同。通常把经过招标、投标经备案的正式合同称为“白合同”，把实际履行的补充协议称为“黑合同”。

中标通知书对招标人和中标人具有法律效力，中标通知书发出后，招标人改变中标结果的或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。也就是说中标通知书一旦到达投标人，合同即成立招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

法律依据：

《建筑法》第三十一条（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。合同发生纠纷的，以备案合同为准。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

综合上面所说的，施工合同是需要在双方协商好之后才能进行签订，而且此合同需要在签订后的七日内到当地的建设行政部门进行备案，但如果未备案的话，虽说不影响合同的效力，但对于双方的权益是会受到很大的影响，而且双方之间结算工程款的依据也没有。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。

招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。