既然股权转让是企业转让财产的一种行为，那么自然也会出现股权转让损失。国家税务总局公告2010年第6号——《关于企业股权投资损失所得税处理问题的公告》的出台，对这一问题有了明确规定：企业对外进行权益性(以下简称股权)投资所发生的损失，在经确认的损失发生年度，作为企业损失在计算企业应纳税所得额时一次性扣除。即企业可以在损失发生年度一次性确认损失予以税前扣除。

接下来又遇到一个实际问题，就是企业如果在损失发生年度由于某种原因没有及时确认损失，那么在以后年度还可以确认该损失吗？对此问题，国税总局在2011年重新修订颁布的第25号公告《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》中予以明确：企业发生的股权转让损失可以在税前扣除；对于以前年度的损失未能在当年予以扣除的，也可以向税务机关进行专项申报扣除，然后再如何确认扣除股权转让损失来自对企业所得税实际缴纳情况调整，但追补确认年度不得超过5年期限。

《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》(国家税务总局2011年第25号公告)第六条规定：企业以前年度发生的资产损失未能在当年税前扣除的，可以按照本办法的规定，向税务机关说明并进行专项申报扣除。其中，属于实际资产损失，准予追补至该项损失发生年度扣除，其追补确认期限一般不得超过五年，属于法定资产损失，应在申报年度扣除。

企业因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。

企业实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。

一、税收政策对股权投资转让损失的规定

实施新企业所得税法后，税收政策未对股权投资损失税前扣除做限制性规定，因此企业发生的股权投资损失可以在当期据实扣除，不再受当期投资所得和转让收益限额内扣除的限制。但是实际工作中依然有不少税务机关沿用老税法的相关处理方法，要求企业的股权损失限额扣除，产生不少税企纠纷。

税务总局的这一规定明确了投资所发生的损失，在经确认的损失发生年度，作为企业损失在计算企业应纳税所得额时一次性扣除，必然受到纳税人认同。虽然股权投资损失不再受限于投资收益和投资转让所得，可以一次性税前扣除，但根据此前税务总局有关规定，企业不能自行扣除，需要报税务机关审批确认。在实际操作中，股权转让发生在关联方之间比较常见，价格不公允也很普通，为堵塞税收漏洞，目前税务机关一般都要求股权转让损失需经税务机关审批后才能税前扣除。