申请医疗事故赔偿的程序为：

一、当事人协商处理的，程序为达成赔偿协议、指定协议、履行赔偿义务等；

2、当事人调解的，流程为申请调解、制作调解协议、履行调解协议等。

3、当事人起诉的，程序为提交起诉书。法院依法裁判，履行生效裁判文书。

如何申请医疗事故做司法鉴定

一、委托

司法鉴定机构和社会专业司法鉴定人接受司法机关的委托，从事委托请求事项的司法鉴定；非诉讼案件鉴定的受托从其行业规定。

1、司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。

2、在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。

二、受理

司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定：

1、对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》；

2、不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起规定期限内对是否受理作出决定；

3、对于不符合受理条件的，决定不予受理的，应当退回鉴定材料并向委托人说明明理由；

4、对于函件委托的，司法鉴定机构应当在收到函件之日起规定期限内作出是否受理的书面答复。

三、初次鉴定

鉴定机构受理案件后，应当指派具有社会专业司法鉴定资格的人员承担鉴定工作，同一鉴定事项应当由两名具有社会专业司法鉴定资格的人员进行。

四、补充鉴定

司法鉴定机构接受委托进行补充鉴定，应当对委托人请求的事项进行审查，不属《司法鉴定程序通则》第三十条规定的情形，社会专业司法鉴定机构应当向委托人说明情况，并退回委托书。

五、重新鉴定

对重新鉴定，专业司法鉴定机构应当要求委托人提供与原鉴定材料相同的材料。重新鉴定仍在原社会专业司法鉴定机构进行的，不能由原鉴定人承办重新鉴定的事项。有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受委托，进行重新鉴定：

（1）司法鉴定机构、司法鉴定人超越司法鉴定业务范围或者执业类别进行鉴定的；

（2）送鉴的材料虚假或者失实的；

（3）原鉴定使用的标准、方法或者仪器设备不当，导致原鉴定结论不科学、不准确的；

（4）原鉴定结论与其他证据有矛盾的；

（5）原司法鉴定人应当回避而没有回避的；

（6）原司法鉴定人因过错出具错误鉴定结论的；

六、复核鉴定

对鉴定结论有异议需进行复核鉴定的，其他资质较高的司法鉴定机构可以接受委托，进行复核鉴定。复核鉴定除需提交鉴定材料外，还应提交原司法鉴定文书。

七、司法鉴定文书的出具

八、出庭

司法鉴定人应当按照司法机关或者仲裁机关的要求按时出庭。司法鉴定人出庭时，应当出示《司法鉴定人执业证书》，依法实事求是的对鉴定结论的依据进行说明，回答与鉴定相关的问题。

《医疗事故处理条例》第四十六条

发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。

第四十八条

已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。

经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。