分公司的合同专用章有效，合同专用章只是履行公章的部分职能，只能在与客户签合同时有效。公章代替合同章使用没问题。分公司没有合同专用章，如果分公司是子公司形式，完全可以用公章签合同，否则就不行了。

企业在对外往来业务合同中使用分公司印章，分公司虽然没有独立法人地位，但分公司已领取营业执照，能够成为民事诉讼的被告，因此在合同上加盖分公司印章一般认定为合同有效。根据《公司法》第14条第1款规定：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

一、分公司的具体情况

1、有营业执照的分公司

A、合同效力：分公司虽然不具备独立的法人资格，但是依照法律的规定进行登记，取得了营业执照，具备了经营经格，可以以自己的名义签订经济合同，但一般要在公司的授权范围内进行，司法实践中一般不会因为是分公司签订的合同而认定无效。

当然，为保证合同的履行，在与分公司签订合同之时，第三人可以要求加盖公司印章，或在合同未履行前，要求公司进行追认。(有人认为：合同签订后尚未履行的，属于效力待定的合同)。另外，分公司以自己的名义对外签订的保证合同因无效。

B、法律后果：公司法第31条“分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担”，但在司法实践中，第三人选择由分公司承担或公司承担或分公司与公司共同承担。法理依据：因为分公司(非法人组织)具有一定的团体财产，构成一定的责任能力，但其财产并不完全独立，其责任能力不完整，故一般由其上级法人承担补充责任。

C、诉讼主体：分公司虽不具有独立的法人资格，但属于民事诉讼法上的其他组织，故可以单独作为原告或被告作为诉讼当事人。在司法实践中，为便于执行，第三人可以将公司与分公司列为共同被告。

2、无营业执照的分公司

A、分公司在没有领取营业执照前从事经营活动是违反公司法的规定的(《公司法》第29条：“设立有限责任公司的同时设立分公司的，应当就所设立分公司向公司登记机关申请登记，领取营业执照。有限责任公司成立后设立分公司，应当由公司法定代表人向公司登记机关申请登记，领取营业执照。”因此，分公司没有领取营业执照而从事经营，系非法经营，不具备合法的主体资格，其所签定的合同当然是无效的。

B、法律后果：无效合同不具有法律效力，而由此产生的法律后果则应由设立它的公司承担，但是与分公司签定合同的第三人知道或者应当知道这种情况的，公司可以根据该第三人的过错程度减轻或者免除责任。

C、诉讼主体：依据民事诉讼法，不属于其他组织，不能作为诉讼主体。分公司不能作为原告行使民事诉讼权利，须有公司作为原告参与诉讼，行使合同当事人权利。司法实践中，第三人可选择将公司作为被告或分公司及公司作为共同被告(因起诉前并不知道分公司有无营业执照)。

二、分公司有哪些特征

1、分公司是由隶属公司依法设立的；

2、分公司没有自己独立的财产，与隶属公司在经济是统一核算，其在经营活动中的负债由隶属公司负责清偿。其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。

4、分公司不独立承担民事责任，没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关；

5、分公司没有独立的名称，其名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。

《公司法》第十四条【分公司与子公司】公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。