长期以来，关于转基因技术，存在很多的争论。支持者和反对者的交锋，主要集中在三个方面：食用安全、环境安全以及经济安全。

食用安全

无论在绿色和平报告中，还是在那些暂缓推广转基因主粮的呼吁书之中，都能看到食用转基因大米不安全，或者是安全性

2010年2月22日，国家发改委主管生物技术产业的副主任张晓强，到华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室进行调研时，曾问及转基因水稻研究负责人张启发：食用转基因大米是否安全?这位中国科学院院士回答说，转基因抗虫水稻比符合国家安全标准的饮用水更加安全。

张启发说，中国的饮用水标准中，有毒的亚硝酸盐含量不能超过百万分之一，而转基因抗虫水稻中抗虫蛋白基因的含量为百万分之二点五，一个人每天可以饮水几公斤，却吃不了1公斤大米。不仅如此，Bt抗虫蛋白已经被证明对人体是完全无毒性的。

张启发及其同事已经食用转基因水稻多年。华中农业大学林拥军教授告诉本刊记者，试验田的转基因水稻收获以后他会带一些回家吃，因为我们做了这么多实验，没有任何不好的后果。

但仍有不少人担心，转入Bt毒蛋白基因的水稻连虫子都不敢吃，对人体难免也会有影响。

很多科学家则认为这种担心是不必要的。浙江大学凃巨民教授告诉本刊记者，Bt蛋白本身是没有毒的，其发挥作用需要高pH值的环境和可以与之结合的特殊受体。只有在昆虫体内才有这种受体，或者说生物分子。此外，昆虫的胃液pH值在9至12之间，是碱性的。而人体胃液是酸性的，也没有这种特殊受体。一个钥匙一把锁，只有这个钥匙能够开这把锁。

杂交水稻之父袁隆平曾表示，转基因抗虫水稻实验室里非常成熟，对人类可能造成的影响，或许要在未来几代人后才会显现。对此，很多转基因水稻的支持者并不认同。新语丝网站创办人方舟子就撰文公开批评袁隆平的这一观点：我们也可学他的语气说，虽然实验非常成熟，但杂交水稻对人类可能造成的影响，或许要在未来几代人后才显现。

此外，支持者们强调，转基因食品也并不是要转掉人体的基因，而是将外来基因转入作为食品来源的某种植物或动物体内。

有不少反对者指出，转基因食品作为一种新事物，应当做到绝对安全、零风险。但支持者表示，世界上没有任何绝对安全的食品。各国政府部门在评价转基因食品的安全性时都遵循一个原则：实质等同(Sbstantialeqivalence)。也就是说，将转基因食品与非转基因的同类食品进行比较。

在农业部网站上，由中国疾病预防控制中心营养与食品安全研究所研究员杨晓光，以及中国农业大学食品科学与营养工程学院教授黄昆仑署名的文章表示，经过中国疾病预防控制中心和农业部农产品质量监督检验测试中心(北京)的检测验证，证明转基因水稻华恢1号和Bt汕优63与非转基因水稻同样安全，消费者可以放心食用。

在支持者们看来，转基因农作物全球大面积种植已有14年之久，食用转基因食品的人群有数十亿之众，至今未发现转基因食品不安全的确凿证据。

同样在进行转基因水稻研究的朱祯还认为，转基因技术的益处远远大于可能存在的风险。与传统的杂交水稻相比，转基因抗虫水稻实际上更安全，因为它可以大幅度减少农药使用。

中国工程院院士、中国疾病预防控制中心营养与食品安全研究所研究员陈君石也持类似观点，他告诉本刊记者，经过严格审批过程的转基因作物，并不涉及食品安全问题。

我从来不认为转基因食品问题是一个食品安全问题。这句话可能一些官员和老百姓都不同意，但是我坚持。因为食品安全问题的定义是，食品中有毒有害物质影响消费者健康的公共卫生问题。而转基因食品中并不存在有毒有害物质，更谈不上对健康的影响。陈君石说。

环境安全

根据农业部网站最近刊发的一篇文章，华恢1号和Bt汕优63转基因水稻的抗虫基因和转基因抗虫棉所用的基因是一样的，试验分析和检测结果表明，该转基因水稻在国内生产种植对生态环境是安全的。对于益虫等主要昆虫种群，也不会产生不良影响。

这篇文章的作者彭于发，是国家农业转基因生物安全委员会委员、中国农业科学院植物保护研究所研究员。

事实上，对于转基因水稻可能造成的环境和生态影响，人们的担心并未完全消除。其中，转基因作物在种植期间是否会通过基因漂移污染非转基因作物，并对生态系统造成影响，是关注的焦点之一。

所谓基因漂移，是指转基因作物中转入的外来基因，通过花粉传播等途径，转移到相邻的其他作物或者野生植物之中，从而改变其他作物或野生植物的基因组成。

彭于发曾经发表论文说，大面积试验表明，转基因抗虫水稻的最大基因漂移距离可达320米，但90%的基因漂移距离不超过16米。

为了避免基因漂移对其他作物或野生植物资源造成的不利影响，各个种植转基因作物的国家都要求，在转基因作物田地周围设置一定距离的隔离带。但在中央民族大学和环保部南京环境科学研究所同时任职的薛达元担心，在一些地方，农民恐怕很难真正遵守隔离带的要求，老百姓会不会知道，野生稻周围100米不能种植转基因水稻?

除了担心基因漂移，薛达元认为，种植转基因水稻之后对其他昆虫和生物群落的长期影响也值得关注。此外，还需关注虫子吃了转基因抗虫水稻之后，会不会产生抗性，抗性一旦出现，是个麻烦的事情。

经济安全

过去两年中，绿色和平曾经多次发表报告，认为中国目前主要的转基因水稻品系涉及多项国外专利，转基因水稻商业化，无异于将粮食主权和农民生计，拱手送给持有这些专利的国外公司。

绿色和平说我们侵犯了12项国外专利，但后来我一查，结论是这样的，在国内推广种植这两个转基因水稻产品不侵犯任何专利。华中农业大学教授林拥军说，这12项专利在中国申报的只有四项，其中有一项没有进入审查程序，已被淘汰，另外三项和我们这个材料没有任何关系，不可能覆盖我们这个材料，而另外八项只在国外申报。再说，其中很多专利是上世纪80年代末和90年代初申报的，过了20年保护期是保护不了的。

林拥军还表示，如今任何高科技产品要想完全规避他人专利，几乎是不可能的。而转基因抗虫水稻中的两个核心专利，涉及培育这个材料的方法和过程，是中国科学家自己的，申请了中国的国内专利。

国家知识产权局专利局医药生物发明审查部部长张清奎在接受人民网采访时证实，华恢1号的培育人已就转基因水稻的培育方法获得中国专利授权。他还透露，截至2009年年底，涉及植物转基因技术的中国专利申请总量为6030件，其中，包括港澳台在内的中国申请人申请了3395件，所有国外申请人共申请2035件。

朱祯也说，中国的转基因水稻拥有自己的知识产权，有些问题涉及其他国家的知识产权，但完全可以通过商业的办法来解决。即使是国外大公司也不一定拥有某个转基因产品的所有知识产权，通过知识产权的交换、购买、授权等进行转基因产品的研发，属于很正常的商业活动。

实际上，一些转基因水稻的支持者认为，研发和推广转基因水稻恰恰是为了确保中国水稻的经济安全。他们举例说，中国每年从美国等国进口数千万吨转基因大豆，直接影响中国大豆的经济安全。这些进口转基因大豆出油率高、成本低于中国本土的传统大豆，很受色拉油生产商的欢迎，也走进了数亿中国人的厨房。但遗憾的是，中国科学家手中根本没有成熟的转基因大豆技术。因此，这些支持者希望，转基因大豆的故事不要在转基因水稻身上重演。