一、非法控制计算机信息系统程序罪处罚是怎样的

1、违反国家规定，侵入前款规定以外的计算机信息系统或者采用其他技术手段，获取该计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据，或者对该计算机信息系统实施非法控制，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；

2、提供专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具，或者明知他人实施侵入、非法控制计算机信息系统的违法犯罪行为而为其提供程序、工具，情节严重的，依照前款的规定处罚；

3、单位犯前三款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各该款的规定处罚；

4、法律依据：《刑法》第二百八十五条违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，处三年以下有期徒刑或者拘役。

二、非法控制计算机信息系统程序罪认定

1、划清本罪与非罪行为的界限。是否达到“情节严重”是区别构成犯罪与否的关键所在；

2、划清本罪与非法侵入计算机信息系统罪、非法获取计算机信息系统数据、非法控制计算机信息系统罪的界限。实践中本罪的行为常常与后二罪的行为密切关联，本罪行为人常常为后二罪行为的实施提供程序、工具，帮助后二罪的顺利实施，但法律规定本罪行为为独立犯罪行为，故其因客观行为的表现不同而区分为不同的犯罪。

三、非法控制计算机信息系统程序罪立案标准

1、具有下列情形之一的程序、工具，应当认定为刑法第二百八十五条第三款规定的“专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具”：

(1)具有避开或者突破计算机信息系统安全保护措施，未经授权或者超越授权获取计算机信息系统数据的功能的；

(2)具有避开或者突破计算机信息系统安全保护措施，未经授权或者超越授权对计算机信息系统实施控制的功能的；

(3)其他专门设计用于侵入、非法控制计算机信息系统、非法获取计算机信息系统数据的程序、工具；

2、提供上述程序、工具专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的，情节严重的，才构成犯罪；

3、情节严重，可理解为提供了大量专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具的;出售专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具数额大的;由于其提供的专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具被大量使用造成严重危害等。