存疑不诉的后果在于检察机关决定“存疑不起诉”，是因为不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任，而对案件侦查终结作出终止或者终结的决定。实质上是人民检察院通过刑事诉讼法赋予的侦查手段，对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。存疑不起诉并不是绝对不起诉，如果在之后发现了新的证据，这个时候是可以进行起诉的。

存疑不起诉的案件退赃款吗

如果是证据不足无法起诉的情况下，也就没有赃款一说。

（一）凡是依法没收的赃款（包括有价证券）赃物，由人民法院、检察院和公安机关分别开出清单，送交财政部门负责处理，并由财政部门写给收据，存入案卷备查。

人民法院、检察院和公安机关一律不得拍卖赃物。对财政部门处理的赃物，法院、检察、公安干部不准事先选购。

（二）对贪污犯贪污的公共财物的处理，应该按照1964年1月2日《中央批转中央监委关于五反运动中对贪污盗窃、投机倒把问题的处理意见的报告》和1963年12月31日中华人民共和国财政部《关于“五反”运动中追回赃款赃物财务处理办法的通知》的规定执行。

对走私案件的走私物品和罚金，仍按前司法部、对外贸易部1954年9月22日发出的《海关移送法院走私案件的几项规定》，统由海关处理。

（三）对查获的下列物品，可以不交财政部门，经县以上人民法院院长、检察院检察长和公安局局长批准后，根据不同情况，分别处理：

1．罪犯用以进行犯罪的工具和留有犯罪痕迹的物品，需要作为罪证保存的，一般应当拍照存入案卷，原物随卷归档保管。

2．武器弹药、易燃易爆等危险物品，加以拍照，照片存入案卷，原物送专门机关处理。

3．反动书画，有证据作用的，应当归档保管，无证据作用的，可以销毁。

4．黄色书刊图片，应指定专人另行保管，一俟案件办理结束，即行销毁或送有关单位。

（四）对没收的各种生活供应票证，经领导审查后，分别送交有关部门处理或在案卷内注明，自行销毁。

（五）对查获的赃款赃物，应该退还失主的，要积极寻找失主，退还失主本人或者丢失单位，不得借故不退。退还时，应该由领取人或领取单位写出收据，存入档案。

通知失主后，超过半年未来领取的，予以没收，送财政部门处理。如有特殊情况，可以酌情延期处理。

凡是已经送交财政部门处理的赃款赃物，以后如有失主前来认领，并经查证属实，由原没收机关从财政部门提回，予以归还。如原物已经卖掉，应该按卖价退还现款。

（六）在办案中已经查明被犯罪分子卖掉的赃物，应当酌情追缴。对买主确实知道是赃物而购买的，应将赃物无偿追出予以没收或退还原主；对买主确实不知是赃物，而又找到了失主的，应该由罪犯按卖价将原物赎回，退还原主，或者按价赔偿损失；如果罪犯确实无力回赎或赔偿损失，可以根据买主与失主双方的具体情况进行调解，妥善处理。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十条第四款对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。