1、组织、领导、参加恐怖组织，并利用该组织实施杀人、爆炸、绑架等犯罪的，以组织、领导、参加恐怖组织罪与该具体的故意杀人、爆炸、绑架等罪实行并罚

2、实施第140至148条的生产、销售伪劣商品以及假药等特定的伪劣产品犯罪行为，同时又以暴力、威胁方法抗拒查处的，实行数罪并罚。

3、走私犯罪并以暴力、威胁的方法抗拒缉私的，以具体的走私犯罪(如走私普通货物、物品罪、走私珍贵文物罪)与妨害公务罪实行并罚(见157条第2款)但要注意第157条第2款所规定的走私犯罪是不包括走私毒品罪在内的，因为根据第347条规定，在走私毒品的犯罪过程中以暴力抗拒检查、拘留、逮捕，情节严重的，直接以走私毒品罪的加重情形对待。

4、保险诈骗行为与故意造成财产损毁、被保险人死亡、残疾或疾病等保险事故的行为：故意制造保险事故的行为本身又触犯其他罪名如放火罪、故意伤害罪、故意杀人罪等的情形下，应以保险诈骗罪与该具体之罪实行并罚。

5、收买被拐买的妇女、儿童之中或之后又非法剥夺限制人身自由、伤害、强奸、猥亵、侮辱行为的，数罪并罚，即以非法拘禁罪、故意伤害罪、强奸罪、强制猥亵侮辱妇女罪、侮辱罪与收买被拐卖的妇女儿童罪实行数罪并罚;但之后产生出卖目的进而出卖构成拐卖妇女儿童罪的，其中强奸、非法拘禁行为等能够被评价在拐卖妇女、儿童罪中的犯罪行为不再并罚。

6、行为人长期虐待被害人，情节恶劣，但最后一次实施了伤害行为，造成被害人重伤，这种致人重伤的行为已经超出了虐待罪的范围。对此，应认定为虐待罪与故意伤害罪。

7、行为人将一名赶路的妇女拦住，并将其打昏，拖到路旁树林，脱掉该女的衣裤，正欲行奸时，发现其正值月经期，便不再实施奸淫行为。行为人想到“划不来”，于是趁妇女昏迷，将其手表和手提包窃走。其行为成立强奸罪中止与盗窃罪既遂，数罪并罚。

8、行为人将一名赶路的妇女拦住，并将其打昏，拖到路旁树林，脱掉该女的衣裤，正欲行奸时，发现其正值月经期，便不再实施奸淫行为。行为人想到“划不来”，于是趁妇女昏迷，将其手表和手提包窃走。其行为成立强奸罪中止与盗窃罪既遂。

9、为实施其他犯罪(盗窃罪之外)而偷开机动车辆作为犯罪工具并将机动车辆据为己有或丢失的，以盗窃罪与所实施的其他犯罪实行并罚。

10、组织、领导、参加黑社会性质组织、或者入境发展黑社会组织，并利用该组织而犯其他罪行的，实行并罚。

11、组织他人偷越国边境，并对被组织人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为的，或对检查人员有杀害、伤害等罪行的，超出了组织他人偷越国(边)境罪的范围，实行并罚(见318条第2款)

12、运送他人偷越国边境，并对被运送人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为的，或对检查人员有杀害、伤害等罪行的，超出了运送他人偷越国(边)境罪的范围，实行并罚(321条第3款)

13、非法猎捕、杀害珍贵、濒危野生动物罪、非法收购、运输、出售珍贵、濒危野生动物、珍贵、濒危野生动物制品罪、非法狩猎罪，同时又以暴力、威胁方法抗拒查处的，以第341条之罪与妨害公务罪等实行并罚。