1、债权出资难以确认，并增加日后企业监管工作的难度。对于出资人债权出资的实现途径，登记机关必须严格区分。但是，出资人是直接把对其他企业的债权转为对本企业的长期投资，还是通过金融资产管理公司、中介机构来实现，还是企业内部自己协商按约定价格处理，登记机关对此存在难以确认的问题。如果涉及第三方，是否通知第三方？如果通过金融资产管理公司、中介机构来操作，那么又将如何处理债权人、债务人和金融资产管理公司或中介机构之间的关系？在登记实践中，如果作为申请人的公司提供证据表明公司股东各方达成合意，并且经依法设立的验资机构出具验资证明，则登记机关可依据验资报告认为公司出资已经到位，给予办理设立登记。依据此理，申请人以债权出资并证明出资到位之后，登记机关也应准予登记。这样，公司营业执照上同样显示实收资本已到位。但如此一来，给该公司今后实施交易的对方带来风险的可能性也会增加，对工商机关的企业监管工作来说也会增加难度。

2、债权出资处理不妥，可能成为“赖账经济”的温床。实行债权出资的本意，是帮助企业盘活债权或是从“呆账经济”走向信用经济，但如果债权出资机制不完善或工作不到位，反而有可能成为“赖账经济”的温床。一方面，债权出资容易使地方政府和企业产生某种债务豁免的期望，甚至助长企业的赖账行为；另一方面，有些银行为了降低不良资产的比率，获得更多的新增贷款额度，有意将一些较好的资产或回收希望较大的不良资产转成股权，而地方政府和企业也愿意促成此事。这就容易导致金融资产管理公司或其他股东权益受损，造成国有资产流失。

3、资本市场不够发达，中介机构行为不够规范，使债权出资的退出面临很大困难。实行债权出资，需要较为发达的资本市场和较为规范的中介机构支持。只有这样，用于出资的债权才能得到确切的鉴定，才能真实反映债权出资企业的真实价值。但我国目前的中介机构还有待完善。同时，金融资产管理公司的债权出资行为具有阶段性特征。当条件成熟时，金融资产管理公司必会将股权出售给其他战略投资者，或通过企业回购、推荐上市等途径，实施变现，回收资金。无论采取哪种债权出资退出方式，都离不开一个成熟的资本市场，而我国资本市场在这方面仍不够发达和规范。债权转股这样的操作方法，其实只要双方当事人都同意的话应该是没有什么问题的，只不过，债权转股还有很多实际性的问题都缺乏法律制度的约束，如果当时不强制性的要求债务人还钱，而是直接把这笔债务变成了对公司的投资，这可能正好成了企业不还钱的借口。