农村合作医保做核磁共振费用不能得到赔付。“新农合”，全称新型农村合作医疗，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。新农合是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。新农合报销范围，大致包括门诊补偿、住院补偿以及大病补偿三部分。

核磁共振自费还是医保

核磁共振是医保。但是需要办理住院手续，在一定范围内的住院费用都是可以报销的，如果说需要进行检查或者是需要住院进行治疗一些疾病的话，可以在办完出院手续之后再做这些检查，会有一定比例的报销，但是一般在门诊上开的检查单子是不能够报销的，需要自己自费进行检查。医疗保险报销流程如下：

1、参保人员应当前往定点医疗机构办理报销手续；

2、提交身份证、医保卡、疾病诊断证明书、就医资料原件等材料；

3、属于医保报销范围的，由医疗机构直接结算。

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十五条

国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。

《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第八十二条基本医疗服务费用主要由基本医疗保险基金和个人支付。国家依法多渠道筹集基本医疗保险基金，逐步完善基本医疗保险可持续筹资和保障水平调整机制。公民有依法参加基本医疗保险的权利和义务。用人单位和职工按照国家规定缴纳职工基本医疗保险费。城乡居民按照规定缴纳城乡居民基本医疗保险费。