刑法非法运输危险物质罪的判罪标准，是根据《刑法》第一百二十五条【非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物罪】非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。

【非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪】非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的，依照前款的规定处罚。

单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。

一、非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪与走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的界限

走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪是指违反海关法规，逃避海关监管、非法运输、携带、邮寄毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的行为。两者在客观行为方式及行为对象上有相似之处，但也有明显区别：

(1)侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是公共安全和国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的管理制度；走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪侵犯的客体是国家对毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的对外贸易管制。

(2)客观方面不同。本罪表现为非法制造、买卖、运输、邮寄、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪的行为，其中的买卖、运输、邮寄必须是在境内非法买卖、运输、邮寄上述物品；走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪在客观方面表现为违反海关法规，逃避海关监管，运输、携带毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪出国(边)境的行为。为走私而违反我国的对外贸易管制，逃避海关监管或边防检查，非法运输毒害性、放射性、传染病病原体等物质进出国(边)境的，则构成走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪。

(3)主观故意不同。如果明知是走私进口的毒害性、放射性、传染病病原体等物质而直接向走私人购买，或者明知是走私人购买毒害性、放射性、传染病病原体等物质进行走私出口而卖给走私人毒害性、放射性、传染病病原体等物质，或者在内海、领海收购、贩卖毒害性、放射性、传染病病原体等物质，没有合法证明的，则不构成本罪，应以走私毒害性、放射性、传染病病原体等物质罪论处。