根据我国《城市房地产管理法》第五十二条规定：“房地产抵押合同签订后，土地上新增的房屋不属于抵押财产。需要拍卖该抵押的房地产时，可以依法将土地上新增的房屋与抵押财产一同拍卖，但对拍卖新增房屋所得，抵押权人无权优先受偿。”；我国《民法典》规定：“建设用地使用权抵押后，该土地上新增的建筑物不属于抵押财产。该建设用地使用权实现抵押权时，应当将该土地上新增的建筑物与建设用地使用权一并处分，但新增建筑物所得的价款，抵押权人无权优先受偿。”建议重新补充借款协议或重新签订。

一、在建工程转让的土地增值税问题

根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税函发［1995］110号）在具体计算增值额时，区分以下几种情况进行处理：

1、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。

2、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20％以及在转让环节缴纳的税金。

3、对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20％的扣除。由于土地增值税计算业务复杂性，企业需要提交相关详细资料到主管税务机关进行判断。

二、在建工程转让涉税有哪些

（一）营业税：由转让方缴纳。如果已经完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，尚未转入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”，依5％缴纳营业税。如果已经转入建筑物施工阶段，按“销售不动产”税目依5％缴纳营业税（同时缴纳城建税、教育费附加、防洪费和地方教育附加）。

（二）企业所得税：在建工程出售视同企业财产销售，应一并计算缴纳企业所得税。

（三）印花税：签订合同双方各按合同所载金额的万分之五缴纳印花税。