一、涉及面广，易引发群体性事件。农村集体所有的土地已经被分配给农民个人了，因公共利益的原因被征用的土地面积较大，涉及的农户较多。村委会或村民组在对被征地农户补偿其应得的青苗补偿费及地上附属物补偿款后，对剩余的款项在本集体经济组织内部进行分配，因分配不公而在内部引起纠纷。征地补偿费在实际的分配过程中乡村截留多，农民实得少。乡村两级往往将矛盾上移，问题上交，而法院司法判决认定与村民自治实际情况存在有差距，易与村民自治发生冲突，导致集体经济组织及乡镇人民政府对司法裁判的抱怨与不满，极易引发群体性事件。

二、农村土地征收补偿纠纷案件是否应当受理不确定。按《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第1条规定：“承包地征收补偿费用分配纠纷，人民法院应当依法受理。集体经济组织成员就用于分配的土地补偿费数额提起民事诉讼的，人民法院不予受理。”第24条规定：“农村集体经济组织或者村民委员会、村民小组，可以依照法律规定的民主议定程序，决定在本集体经济组织内部分配已经收到的土地补偿费。征地补偿安置方案确定时已经具有本集体经济组织成员资格的人，请求支付相应份额的，应予支持。”按其内容分析，“份额”应是一种权利等分的表述，主张的是支持权利，如果原告起诉要求取得一定的权利，就涉及到村民待遇问题。根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层组织。村民或集体经济组织成员资格在目前不是法院可以确认的。因此，对于农村土地征收补偿纠纷案件，法院是否应予受理，各地作法不一。一些法院予以受理，而一些地方则明确下文对涉及农村土地征收补偿纠纷案件法院不能受理。实践中有些法院或法官不愿碰或不敢碰这类案件，一旦处理不好就极易造成当事人的群体上访，给社会稳定埋下隐患。

三、补偿标准不统一，地区差异大。目前我国土地征收补偿标准采用法定补偿标准，由《土地管理法》第四十七条具体规定，其中有些补偿标准只有最高限的限制，即使有些有法定最低标准的限制，但政府的自由裁决权比较大，如“征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍”、“征收其他土地补偿费和安里补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置费的标准规定”，较大的自由浮动幅度赋予了政府极大的自由裁决权，各地适用的标准不一致，造成地区间土地征收补偿标准差异大。

四、案件裁判后难执行兑现。涉诉集体经济组织在土地补偿费到手后往往即用于成员分配，法院裁判后集体经济组织常无财产可供执行。现实中，案件申请执行人因法院裁判无法执行而上访的事例屡见不鲜，这种情况下司法权威将受到极大影响。

在征地补偿安置中，农民往往会对补偿标准产生质疑，各个地区情况也不一样，因此为了减少纠纷，各地方的政府官员以及开放商应该和农民代表一起组织集体会议，共同协商征地补偿标准，避免引发群体性事件。