违反高铁站限停三分钟的规定会被罚款，法律规定对于违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，交警可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。

如果违停的机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，则处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。

限停3分钟超时怎么处罚

限停三分钟，超时则会被摄像头自动抓拍，一旦被拍将按照违反禁令标志，被处以罚二百、记三分的处罚，切记不可长时间逗留，影响他人通行。法律另有其他规定的，应当依照其规定。

处理交通违章的扣分和罚款的步骤：

1、携带身份证，驾驶证，行驶证，到违章处理大厅办理；

2、拿着处罚决定书到指定的银行交罚款；

3、处罚决定书一旦打印完毕，必须在15日内交罚款，超过15天的，每天收取3％的滞纳金，但滞纳金的总额不能超过罚款的总额；

4、打单交完罚款后，把票据保留好，过几天再网上查询违法信息，要是违法信息没有了，票据就可以扔了，但如果网上还有违法信息没消掉，那就拿着交款单子到交警队的法制科说明情况，经过工作人员确认后，你的违法信息将直接删除。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条

对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。

机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。公安机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。

因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。

《道路交通安全法》第九十三条

对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。

机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。公安机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。

因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。