(一)单位特殊主体问题

本罪的主体是单位特殊主体，这个毋庸置疑。但争论不休的是国家机关作为单位受贿罪的主体，是否具有现实意义，存在两种观点。肯定说认为，单位犯罪的主体应当包括国家机关。因为，无论从哪种意义上说，单位都包括机关，从目前已经审结的单位犯罪案件来看，国家机关参与犯罪的不乏其例。否定说认为，机关不能成为单位犯罪的主体，因为国家机关代表国家对社会进行管理，经费由国家财政拨款。如果将其作为犯罪主体，无论采取何种刑法措施，都必将影响其正常职能的发挥，影响其对社会的正常管理。

(二)利益要件问题

首先，对单位受贿罪中利益要件的争议集中在第一款的索取、非法收受他人财物上，这也是在当今中国刑法贿赂犯罪中讨论最多的问题，即贿赂的范围是什么，主要存在三种不同的主张。一是财物说，主张贿赂仅限定金钱或者可以用金钱计算的财物，刑法第387条中对财物规定十分明确，不包括财产性利益，更不包括非财产性利益。二是财产性利益说，主张贿赂不能狭隘地理解为现金、实物，还包括设定债权、免除债务、免费提供旅游、提供劳务或者担保、降低货款利益等其他财产性利益。又称物质性利益说，即除了物质性利益以外，也包括其他的非物质的财产性利益。三是利益说，主张能够满足人的物质或者精神需要的一切有形或者无形的、物质的或非物质的、财产的或非财产性的利益，如安排子女就业、解决招工指标、甚至提供色情服务等视为贿赂。

其次，对为他人谋取利益这一利益要件的争议，刑法学界大体存在着三种学说。一是客观要件说，认为为他人谋取利益是指受贿人为行贿人谋取某种非法的或者合法的利益，这是行贿人与受贿人之间的一个交换要件，因此将其作为单位受贿罪的客观要件。二是主观要件说，认为为他人谋取利益,只是行贿人与受贿人之间货币与权力相交换的一种默契。就行贿人来说，是对受贿人的一种要求;就受贿人来说，是对行贿人的一种许诺或曰答应。因此，为他人谋取利益只是对受贿人的一种心理态度，属于主观要件的范畴。三是主客观要件结合说,认为应当从主客观相结合、相统一的角度予以理解。即不管行为人在主观上具有为他人谋取利益的意思，还是客观上实施了为他人谋取利益的行为，都属于为他人谋取利益。只是在具体案件中，有的可能侧重于客观要件即主要是以客观要件的形式表现出来，有的侧重于主观要件即主要是以主观要件的形式表现出来。

(三)第2款适用问题

刑法学界中对刑法第387条单位受贿罪的概念认定大多数是：指国有机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体索取或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，情节严重的行为。刑法第387条用两款叙明罪状的形式规定了本罪，对本罪的概念也应以叙明罪状为基础，反映出本罪的特征。首先，虽然两款均规定的都是单位受贿罪，但是第2款中规定的经济往来，在第1款中未作要求。所谓经济往来，就是指商业活动，这是界定商业贿赂犯罪与普通贿赂犯罪的首要区别。在商业活动中，单位与行贿人在经济上按照双方的合意，根据交易款项卖方向买方以一定方式支付一定数量的财物。其次，第2款中规定的各种名义的回扣、手续费在区别罪与非罪中存在的定义不同。有种观点认为，如果回扣、手续费等贿赂物归单位所有后，又以奖金、福利等形式转化单位成员所有，并不影响其为单位利益，因为这只是单位内部对贿赂物的分配形式而已，与集体利益并不矛盾。另外，也有学者认为，以下回扣、手续费应属合法：

(1)在经济交往中，付出一定的劳务而收取不超过规定的回扣、手续费;

(2)收受回扣、手续费用与集体福利或者奖励，包括对在经济中作出贡献的业务人员的奖励