对于婚姻存续期间购置的小产权房屋，法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理：

1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。

2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。

3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。

一、小产权房怎么操作过户

1、买卖双方首先需要在沟通和了解的基础上，按照约定成交价格、交房日期、过户时间等等来签署房屋买卖合同，在合同上签署双方的姓名、联系电话等信息，并且要加盖手印或者是盖私章。在这里要特别提醒大家的是，在合同中一定要明确出房屋的详细信息。

2、申请交易。买卖双方去房产交易中心进行交易，在部门的咨询台领取网签号；

3、网签。在服务窗口领取并填写一个方法买卖的信息表。要按照合同的内容填写，尤其是要注意合同中成交价款一项，因为过户契税缴纳的依据就是成交价；

4、网签后，就要在前台窗口领取相应的资料，为契税的缴纳做准备；

5、去财政部门的受理大厅，缴纳契税、印花等相关过户费用，并取得税费完税证明，为下一步登记发证做准备；

6、交土地出让金，土地出让金的缴纳地方，各地方可能有所不同，但是大多数是直接去国土局缴纳；

7、持相关资料就可以去不动产登记中心办理房产过户手续，注意卖方的夫妻双方一定要到场并且当场签名确认。

8、登记过户，取得不动产权证书。

二、小产权房买卖流程是怎样的

小产权房合同的效力以认定无效为原则，以认定有效为例外，例外的情况是：如买卖双方都是同一集体经济组织的成员，经过了宅基地审批手续的，可以认定合同有效。

我国法律明文规定农村住宅即所谓的小产权房只能分配给本村村民，并禁止向城市居民出售，但并没有禁止小产权房在同一集体组织成员之间流转、买卖，根据私法原理，法无禁止即可为，我国法律法规并没有禁止本集体成员之间的小产权房进行买卖，因此，只要同一集体成员具有相应的民事权利能力和民事行为能力，签订小产权房买卖合同时意思表示真实，不违反法律或社会公共利益，一般认定该小产权房买卖合同有效。