它们之间的区别如下：第一，只有在犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应当追究刑事责任的情况下，才可以不起诉，免予起诉是被告人已经构成犯罪的行为，只有在刑法不需要判刑或者可以免除的情况下才可以使用免于惩罚；第二，对不起诉有明确的法律规定。有不追究刑事责任情形之一的，人民检察院应当作出不起诉的决定。免予起诉的申请，由人民检察院根据案件的具体情况，结合法律规定提出。

法定不起诉和存疑不起诉两者有区别吗？

法定不起诉和存疑不起是有区别的；

存疑不起诉又称证据不足的不起诉，是指依据《刑事诉讼法》第一百七十一条第四款的规定，对于经过二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。法定不起诉又称绝对不起诉，是指依据《刑事诉讼法》第一百七十三条第一款的规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实。

（一）、不起诉的分类

依据《刑诉法》规定，人民检察院对于公安机关侦查终结的移送起诉的案件，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定。符合《刑事诉讼法》第171条或173条规定的，作出不起诉决定。不起诉主要分为法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉三种。

（二）、法定不起诉

法定不起诉又称绝对不起诉，是指依据《刑诉法》第一百七十三条第一款的规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑诉法》第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。这里的应当是指因为不具备起诉的法定条件而必须作出不起诉决定。

法定不起诉的适用条件：

1、没有犯罪事实；

2、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

3、犯罪已过追诉时效期限的；

4、经特赦令免除刑罚的；

5、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

6、犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

7其他法律规定免予追究刑事责任的。

（三）、酌定不起诉

酌定不起诉又称相对不起诉，是指依据《刑诉法》第一百七十三条第二款的规定，犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，人民检察院可以作出不起诉决定。即同时具备两个条件：

1、构成犯罪，但是情节轻微，危害不大；

2、依据《刑法》不需要判处刑罚或免除刑法的。

《刑法》中不需要判处刑罚或免除刑罚的情形包括：

1、又聋又哑的人或者盲人犯罪的（刑法第19条）；

2、预备犯（刑法第22条第二款）；

3、从犯（刑法第27条第二款）；

4、在外国犯罪已经受过刑罚处罚的（刑法第10条）；

5、有重大立功表现的（刑法第68条）；

6、正当防卫超过必要限度造成重大损害的（刑法第20条第二款）；

7、紧急避险超过必要限度造成不应有的损害的（刑法第21条第二款）；

8、胁从犯（刑法第28条）；

9、犯罪情节轻微不需要判处刑罚的（刑法第37条）；

10、犯罪较轻的自首犯（刑法第67条）；

11、没有造成损害的中止犯（刑法第24条第二款）。

（四）、存疑不起诉

存疑不起诉又称证据不足的不起诉，是指依据《刑诉法》第一百七十一条第四款的规定，对于经过二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。对于经过一次退回补充侦查的案件，认为证据不足，不符合起诉条件，且没有退回补充侦查必要的，可以作出不起诉决定。证据不足的情形：

1、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

2、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

3、据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的；

4、根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的；

5、根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。

综合上面所说的，法定不起诉和存疑不起诉两者都是属于不能对犯罪嫌疑人进行起诉判决；但对于这两种不起诉是有很大的区别，所存在的法定性质完全不一样，对于存疑不起诉即使证据不够，那么之后也是可以再查找证据，等有了新的证明材料同样也可以再进行抓捕。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。