1、农村拆迁补偿款纠纷处理方式如下：当事人首先可以申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。我国法律规定，被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

2、法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第十四条，被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

第十六条，房屋征收范围确定后，不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为；违反规定实施的，不予补偿。

第十九条，对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。

对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。

一、农村征地补偿纠纷的主要原因有哪些

1、农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确。承包地之外的农村集体土地被征用，征收方向农村集体经济组织支付地上附着物和青苗费补偿费、安置补助费，其归属法律、法规没有明确规定。

2、由于农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。青苗补助费和地上附着物补偿费应分配给该物的所有者，通常为农民个人所享有；安置补助费国家规定应由集体经济组织所享有，若农民自谋职业，应发给农民个人。

3、但现行的立法模式并没有为“集体”作出严格界定，现实中农村集体土地一般存在三种模式，即乡镇集体所有，村民委员会集体所有，村民小组集体所有。对所有权主体多级性和不确定性的规定，反而造成了集体土地所有权主体的虚位，导致了集体土地人人所有，却人人无权。

4、因为农村实行家庭承包经营为基础，统分结合双层经营体制以后，农村集体经济组织大多解散，原来属于乡镇、村集体经济组织所有的土地已经分给各村内小组的农户承包经营，而且当初分地的时候土地权属登记手续大多不健全，在土地未被征收时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临补偿金的时候，三个主体都争抢土地补偿金，即使属于村内小组所有的土地被征收后，乡镇、村克扣、截留补偿金的不正常现象大量存在，补偿金落实到真正土地权利人手中的所剩无几。

拆迁补偿款的发放本身就错综复杂，所以当发生农村拆迁补偿款纠纷时最好能心平气和、有事说事的协商解决。对于那些无法达成一致意见的的，可以参考上述的解决办法，和平的解决拆迁补偿纠纷，切不可采取暴力手段，以免给自己造成不必要的法律责任。