分公司可以独立开票。

分公司是公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构，不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。

但在总公司规定的经营范围内，到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。

经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。

一、负责分公司的法人会有章程吗

分公司是总公司管辖的分支机构，是指公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。虽有公司字样但并非真正意义上的公司，但无自己的章程，公司名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。

二、应该如何设立分公司

《公司法》规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。注册分公司需要以下流程：1、办理分公司名称核准;2、办理营业执照;3、刻章;4、办理组织机构代码证;5、办理税务登记证。注册分公司需要材料有：1、总公司营业执照副本原件及复印件盖公章;2、总公司税务登记证原件及复印件盖公章;3、总公司验资报告复印件;4、总公司章程;5、总公司股东会决议;6、总《公司法》定代表人身份证复印件;7、分公司负责人任命书;8、分公司负责人身份证原件及照片;9、其它所需材料。实践中，总公司与分公司有以下区别：1、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。2、分公司不具有法人资格，不独立承担民事责任。3、分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。

三、分公司可以分配股权吗

只有总公司才能分配股权，分公司没有法人财产权，不是股权分配的适格主体，则不能进行股权的分配事实上，分公司是指一个公司管辖的分支机构，即公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。而且有限责任公司或股份有限公司设立的分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担，因此，分公司既然只是总公司的附属机构，其股权自然由总公司进行分配，而不能自行分配股权。同时，我们知道，股权是投资人向公民合伙和向企业法人投资而享有的权利。