一、纪委怎么办理存疑不起诉的案件?

对于存疑不起诉的案件会做出不起诉的决定，同时也会释放当事人；

《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

二、存疑不起诉能否继续适用强制措施

实践中有这样的情况，一些公安机关在检察机关对存疑不起诉人宣布决定并予以释放后，立即对其采取监视居住或取保候审等强制措施，目的是为了便于对案件的进一步侦查，便于控制当事人(被不起诉人)。这样做不妥。理由有三：

一是这样做没有法律法规乃至司法解释依据。作为执法机关尤其是司法机关必须严格依法办事，法律未规定的权力不得行使，而作为守法者，法无禁止即可为。

二是这样做不符合“释放”的本质要求。《刑事诉讼法》第一百七十四条规定，不起诉决定，应当公开宣布，如果被不起诉人在押，应当立即释放。被释放意味着获得自由，而监视居住或取保候审均是对自由的限制。

三是这样做不符合不起诉的法律意义。检察机关的不起诉决定具有在起诉阶段终结刑事诉讼的法律效力，而所谓强制措施，是指公安机关、人民检察院和人民法院在刑事诉讼过程中，为了保证侦查、起诉和审判工作的顺利进行，防止犯罪嫌疑人、被告人、现行犯或重大嫌疑分子逃跑、自杀、隐匿罪证、继续犯罪或进行其他破坏活动，依法采取的暂时限制其人身自由的强制方法。强制措施适用于刑事诉讼过程中，而不起诉决定的宣布，标志着刑事诉讼的终结，强制措施也就失去了其存在的前提条件。

因此，在对存疑不起诉人宣布不起诉决定的同时，应解除对其适用的强制措施。

三、案件能否再用侦查权

法律和有关司法解释均未作规定。有人提出应由侦查机关或侦查部门去收集，因为它们熟悉情况，容易发现和收集有关证据，并提出由检察机关公诉部门将存疑不起诉的案件卷宗材料退还侦查机关或侦查部门，以强化侦查人员的责任感和证据意识。

将存疑不起诉案件的卷宗退还侦查机关或侦查部门的做法并不妥当。首先，存疑不起诉的决定是建立在对卷宗证据材料的审查判断基础之上的，是对案件的最终处理结论，卷宗是支撑不起诉结论的基础，两者是不可分割的，没有了卷宗材料，不起诉决定就成了空穴来风，不仅不符合档案管理的要求，而且也不便于对作为复查重点的该类案件的复查。其次，将存疑不起诉案件的卷宗退还侦查机关或侦查部门未必有利于新证据的收集。存疑不起诉案件都经过了一到两次的退查程序，用足了法定的侦查和审查起诉时限，可以说已尽足了努力，侦查人员的精力也是有限的，不可能光盯着一两个疑难案件而不做其他工作，事实上存疑不起诉后获得新证据再起诉的案例并不多见。因此，应由检察机关来启动和主导对存疑不起诉案件新证据的收集。在具体操作上，可由检察机关公诉部门指定专人负责此项工作，定期与侦查机关和侦查人员沟通情况，及时了解相关信息，确定补查事宜。