1、进一步明确了非法证据的认定标准。《解释》规定，使用肉刑或者变相肉刑，或者采用其他使被告人在肉体上或者精神上遭受剧烈疼痛或者痛苦的方法，迫使被告人违背意愿供述的，应当认定为刑事诉讼法第五十四条规定的刑讯逼供等非法方法。对刑事诉讼法第五十四条规定的可能严重影响司法公正，应当综合考虑收集物证、书证违反法定程序以及所造成后果的严重程度等情况作出认定。

2、进一步明确了申请排除证据的程序。规定当事人及其辩护人、诉讼代理人申请人民法院排除以非法方法收集的证据的，应当依法提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者材料；并规定人民法院在向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的，在开庭审理前提出，但在庭审期间才发现相关线索或者材料的除外。

一、瑕疵证据与非法证据的界限

首先，从刑诉法相关规定及《两个证据规定》，可以对非法证据和瑕疵证据作如下界定：

1、非法证据。根据刑诉法第五十四条的规定，非法证据可分为非法言词证据和非法实物证据。非法言词证据包括采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述，采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述。非法实物证据即符合：

（1）收集物证、书证不符合法定程序；

（2）可能严重影响司法公正；

（3）不能补正或作出合理解释等三个条件而需依法排除的实物证据。

2、瑕疵证据。顾名思义即取证程序存在瑕疵的证据。瑕疵证据属于侦查机关未侵犯公民的宪法性基本权利而仅仅是以轻微违法的方式获得的证据材料，只要能够补正或作出合理解释，仍可作为证据使用。

其次，从证据要素角度，亦可对非法证据和瑕疵证据作如下区分：

法定证据包含取证主体、取证程序等方面的构成要素，其中即包括决定证据合法性的基本证据要素。不合法证据所体现的正是在证据取得过程中因违反相关法律规定而造成基本或非基本证据要素的缺失。非法证据，往往因重大违法或损害公民基本权利保护导致基本证据要素的缺失而丧失证据资格，必须予以排除。瑕疵证据，则属于非基本要素存在某些不完全合乎法律规定的情形，允许通过一定手段帮助其恢复或者取得应有的证据价值。

二、瑕疵证据与非法证据的判断

具体在实践中，可以依据三个标准对瑕疵证据与非法证据进行判断。对此，《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》中既有瑕疵证据的规定，也有非法证据的规定，可作为分析对象。其一，侵犯公民权利。非法证据主要是侦查人员通过严重侵犯犯罪嫌疑人、被告人合法权益手段获得；瑕疵证据虽然在形成过程中存在一些技术性违规，但没有发生严重的侵权。以犯罪嫌疑人、被告人供述为例，该规定中采用刑讯逼供等方法所取得的供述，没有犯罪嫌疑人、被告人确认的讯问笔录，没有提供翻译的盲聋哑、少数民族人员犯罪嫌疑人、被告人所做的供述，都是非法证据，应当排除，同时，讯问笔录填写的讯问时间、讯问人、记录人、法定代理人等有误或者存在矛盾的，讯问人没有签名的，首次讯问笔录没有记录告知被讯问人诉讼权利内容的，则系瑕疵证据需补正或作出合理解释。其二，违反法定程序。非法证据中侦查人员的行为是刑讯逼供、暴力、威胁等严重违法，甚至构成犯罪的行为；瑕疵证据则是遗忘记录、签名及相关材料等轻微违法情形。其三，影响证据可采性。非法证据系侦查人员以严重侵犯公民权利的非法手段取得，对犯罪嫌疑人等诉讼参与人的思维、意志具有较强的压制性，极可能造成相关诉讼参与人违背自由意志和案件真实而出具言词证据材料，证据不可采信；瑕疵证据则是取证程序上的疏漏，对证据实体上的真实性影响甚微。

以上证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。