1、对于拆迁补偿问题，可以协商，协商不成可以提起行政复议或者行政诉讼。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

2、征收房屋补偿应当按照征收的土地面积进行补偿，征收宅基地涉及农民住房的，应当保障被征收人的居住条件。《江苏省征地补偿和被征地农民社会保障办法》（省政府令第93号）第十条农民集体所有的土地按照用途分为农用地、建设用地和未利用地。征收农用地的土地补偿费，按照被征收土地的面积计算；征收建设用地的土地补偿费，按照征收农用地的土地补偿费计算；征收未利用地的土地补偿费，按照征收农用地的土地补偿费的0．5倍计算。第十一条征收农用地应当支付安置补助费，安置补助费按照需要安置的被征地农民人数计算。需要安置的被征地农民人数，按照被征收的农用地面积除以征地前被征地农村集体经济组织人均农用地面积计算。征收建设用地和未利用地不支付安置补助费。第十二条征收土地涉及房屋及其他建筑物、构筑物的，应当依法给予补偿。征收宅基地涉及农民住房的，应当保障被征收人的居住条件。能够重新安排宅基地的，对其住房按照重置价格结合成新给予补偿；未能重新安排宅基地的，按照与被征收住房面积相当的原则安排住房，或者按照市场评估价格给予补偿。征收土地涉及其他建筑物、构筑物的，应当依法给予补偿。能够重新安排其他建设用地的，对其建筑物、构筑物按照重置价格结合成新给予补偿；未能重新安排其他建设用地的，按照市场评估价格给予补偿。

3、你爷爷的建房属于你爷爷所有，而后你爷爷将部分赠给了子女，赠与也是有效的，子女因赠与取得了房屋所有权和土地使用权，再后子女经审批拆掉原房子建设新房或在其他地方建设新房，并不因此失掉原来的房子所有权（当然拆掉房子因房子灭失而丧失所有权）和土地使用权。因此，拆迁部门应当按照实际征收的土地面积进行补偿，而不是所谓的扣除。

4、建议你和拆迁部门协商，协商不成可以提起行政复议或行政诉讼。