在我国军事法学理论中，对于军事机关是否具备行政诉讼的主体资格基本持否定意见。其理由主要是：根据我国宪法规定，国家最高军事机关——中央军事委员会由全国人大产生，并对其负责，受其监督，我国军事机关(武装力量)作为一种独立的国家机关存在，并不隶属于行政机关、审判机关、检察机关等，尤其是它与国家行政机关不构成法律意义上的隶属关系，也就不具备在行政诉讼过程中作为被告方的主体资格的法律地位。既然军事机关在国家宪政体制中不属于国家行政机关的范畴，原则上不享有国家行政管理权，与地方公民、法人或者其他组织之间也没有行政隶属关系，不宜作为行政诉讼主体。因此，在我国，行政诉讼中的被告只能是行政机关，将军事机关作为行政诉讼中的被告，既混淆了我国行政机关与军事机关的原则区别，也不符合《行政诉讼法》的立法宗旨。

行政诉讼法规定，人民法院不受理公民、法人或者其他组织对国防、外交等国家行为提起的行政诉讼，即国防、外交等国家行为不属于人民法院行政诉讼的受案范围。国家行为是指有权代表国家的特定国家机关，根据宪法和法律的授权，以国家的名义所实施的有关国防、外交等事务的行为。国家行为涉及国家主权和国家与外国的关系，因此，无论是权力机关作出的决定战争和和平问题，或者宣布决定进入战争状态，以及行政机关、军事机关依宪法和法律授权进行的国防、外交等国家行为，人民法院是无权对其合法性进行审查的。因此行政诉讼法规定，国防、外交等国家行为不属于人民法院行政诉讼的受案范围。

军事机关的行为损害军队以外的公民、法人或者其他组织人身权、财产权的事件还是时有发生的，这些损害往往是军队在演习、训练中发生的，它不是行使行政管理职权的行为。公民、法人或者其他组织对军事机关这类损害其人身权、财产权的行为不能提起行政诉讼。军事机关的这一类行为属于国家补偿的范围，双方当事人应当按照国家对这一类行为规定的补偿的范围、程序进行处理。

军事机关适用行诉法需要解决以下几个认识问题：

1、关于军事机关是不是国家行政机关

从我国目前的宪政状况来看，军事机关是一种独立的国家机关，它与国家最高行政机关不构成隶属关系，从这个意义上讲，军事机关似乎不在国家行政机关之列。但是，军事机关确有行政行为，依法可以行使国家所赋予的部分行政权力则是确定无疑的。在这一点上，与国家行政机关的其他具体职能部门并没有本质上的区别，不能因为它只行使部分的而不是全部的行政权就不承担相应的行政法律责任。按照我国行政诉讼法的理论，有权的国家机关在行使行政权力的过程中，如果作出不当的行政行为，就会直接、间接地影响到公民或法人的合法权益，这种情况一旦发生，必然会产生相应的法律后果，而解决这些问题的最终有效途径就是依法采取行政诉讼的方式。

2、关于军事机关的活动是否都是涉及国防事务的国家行为

国防是指各种为捍卫国家主权、领土完整和安全，防备外来侵略和颠覆而进行的军事及与军事有关的政治、经济、文化等方面的建设和斗争。国防行为是国家行为的重要组成部分，这种行为是否合法或妥当属于国际法调整的范畴，其后果应由国家承担，不能由本国法院的行政审判来决定。军事机关作为职能部门，在很多情况下代表国家管理国防事务，但是，不能因此而得出结论：军事机关的活动都是涉及国防事务的国家行为，其产生的一切后果都应由国家承担在非战时和军队日常管理工作中，军事机关还有许多与国防事务不直接相联的普遍行政行为，如对军内职工的辞退、军队医疗事故纠纷的裁定等，对这些行为所产生的后果，理应由作出该行为的具体军事机关负责。

3、关于如何看待军事行政行为具有特殊性

军队作为执行政治任务的特殊武装集团，有高度严密的组织纪律，军事机关的许多行政行为都具有命令性、强制性和时效性的特点，但这不应该成为不能适用行诉法的理由。首先，行诉法所涉及的行政行为限指狭义的行政行为，即有权的国家机关依照对全体公民普遍有效的行政法规进行的，并直接或间接产生行政法律效力和结果的行为，它不包括国家行政机关根据内部有关规章制度对所属人员作出的处罚行为，当然也不包括军事机关依据有关的军队条令、条例对军职人员所实施的处分，以及在战时、抢险救灾、戒严等特殊情况下对特殊问题的处理。

因此，军事机关适用行诉法不会影响军事机关对内部生活的正常管理活动。其次，随着商品经济的发展和军队社会化程度的扩大，国家通过立法渠道将涉及军职人员的有关行政权力越来越多地赋予军事机关，如对军内医疗事故、交通事故等问题的处理。这就要求军事机关在许多情况下都要执行国家对全体公民普遍有效的行政法规，它依法所做出的一些行政决定在效力和结果上已与其他国家行政机关无异。第三，按照行诉法的规定，在诉讼期间，不停止具体行政行为的执行。这就在立法上保证了军事机关那些必须立即执行的行政决定的时效性，不致因当事人提出异议或提起诉讼而影响它的贯彻执行。

4、关于军事机关是否具备适用行诉法条件

近年来，军事立法在不断健全，但与国家已颁布的行政法律、法规相比，处理军队内部行政问题的法律、法规数量仍较少，且不尽完善，特别是在已颁布实施的军事行政法规中，明确规定给予受处罚的当事人以申诉、上诉及诉讼权利的还很少，这些缺陷只能说明军事行政法制建设还有待加强，而不应成为军事机关不适用行诉法的理由。随着广大官兵要求运用法律保护自己行政诉讼权利的愿望逐渐增强，军队有关司法机关也已接触并调解了一些这方面的争议和纠纷，初步积累了一些经验，只要加强军职人员对行诉法的学习和宣传，辅之完善军事行政立法并建立必要的机构和制度，军事机关适用行诉法是完全可行的。