1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的;

2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定;

3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。

一、农村医疗保险和五险一金中的医疗保险的区别

1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。

二、居民医疗保险一档医保和二档医疗保险的区别

以深圳地区为例。

区别一、缴费比例不同。医保一档缴费比例为8.2%，单位缴6.2%，个人缴2%，缴费基数为员工实际缴费工资(最低为4488元)，总交费368元；医保二档缴费比例为0.8%，单位缴0.6%，个人缴纳0.2%，缴费基数为上年度在岗职工月平均工资(现为7480)，总交费59.8元。

区别二、适用人群不同。医保一档：深户强制购买一档，非深户也可以购买一档，购买的一般的知名大公司上市公司等；医保二挡：一般多为公司类型的单位缴纳的是二档医保，因为企业也要有效益。

区别三、就医原则不同。一档参保人：市内任一定点医疗机构就医；二档参保人门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。

区别三、住院报销不同。一档住院报90%，需在定点医院办理住院；二档住院报90%，需在定点医院办理住院。

区别四、门诊报销不同。一档连续参保12个月，年度自费超过3131可以报销70%，社康看门诊报30%，大型设备检查报80%；二档每年有1000元门诊费用，需绑定社康医院，门诊大型设备检查和治疗单次最高不超过120。

区别五、参保时间要求不同。一档参保人连续参保满一年，在同一个医保年度内自付的门诊基本医疗费用和地补医疗费用超市在岗职工平均工资5%的，超过部分由统筹基金按规定支付70%(年满70周岁以上支付80%)；而二档参保人没有具体时间要求。

三、合作医疗跟社保有何区别

合作医疗和社保的区别包括：

1、所覆盖的对象不同，合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加。

社保是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。

2、缴纳方式不同，合作医疗是农民自愿参加。

社保是用人单位和职工共同缴纳的，是强制性的。

3、待遇不同，新型农村合作医疗费用补助，在不同级别的医疗机构补助费用也是不同的。社保的参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗。