劳动关系的解除有多种方式，双方协商解除是其中之一。但用人单位提出并与员工协商解除劳动关系的，应根据员工在本单位的工作年限支付经济补偿。《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第五条，经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的，用人单位应根据劳动者在本单位工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，最多不超过十二个月。工作时间不满一年的按一年的标准发给经济补偿。《上海市劳动合同条例》第四十二条，有下列情形之一的，用人单位应当根据劳动者在本单位工作年限，每满一年给予劳动者本人一个月工资收入的经济补偿，用人单位依据本条例第二十九条规定提出与劳动者解除劳动合同的。第二十九条经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除。本条例第四十二条（参见）中的本单位工作年限，满六个月不满一年的，按一年计算。以上条文说明单位提出与员工协商解除劳动关系，应根据员工在单位的工作年限支付经济补偿，每满一年支付一个月工资，不满一年满六个月的按一年计算。计算经济补偿金所依据的月工资性收入如何计算呢？《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》十一条，本办法中经济补偿金的工资计算标准是指企业正常生产情况下劳动者解除合同前十二个月的月平均工资。《上海市劳动合同条例》第四十五条，本条例第四十二条（参见）、第四十四条中的工资收入按劳动者解除或者终止劳动合同前十二个月的平均工资收入计算，劳动者月平均工资收入低于本市职工最低工资标准的，按本市职工最低工资标准计算。另《上海市高级人民法院关于审理劳动争议案件若干问题的意见》中指出“根据相关规定，经济补偿金应以劳动关系解除前十二个月的平均工资性收入为计算标准。劳动者每月应得工资与实得工资的主要差别在于各类扣款和费用，包括个人应当承担的社会保险金，税费或工会费等。由于用人单位代扣的社会保险金、税费等均为个人劳动所得的组成部分，用人单位只是承担代缴义务。因此，该部分款项应当计入工资性收入，在计算经济补偿金时应当一并予以考虑。所以，计算经济补偿金需要弄清晰发生劳动争议之日倒推十二个月的总收入计算出月平均工资，对于每个月的工资发放，应按应发工资计算，不考虑个人所得税或其他扣除。