公司间发生合同纠纷，可以按下列步骤来走法律程序：

1、到法院起诉或者向仲裁机构申请仲裁；

2、上述机构决定是否受理；

3、决定受理的，再进行调解或者依法作出裁判；

4、依法履行生效的裁决；

5、若一方拒不履行的，另一方可以申请法院强制执行。

发生合同纠纷怎么办？

当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。合同纠纷的解决方式主要是以下四种：

1、协商。当事人自行协商解决合同纠纷，是指合同纠纷的当事人在自愿互谅的基础上，按照国家有关法律、政策和合同的约定，通过摆事实、讲道理，以达成和解协议，自行解决合同纠纷的一种方式。

2、调解。合同纠纷的调解，是指双方当事人自愿在第三者（即调解的人）的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，由第三者对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷的活动。

3、仲裁。仲裁也称公断。合同仲裁，即由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条款或自愿达成的仲裁协议，按照法律规定对合同争议事项进行居中裁断，以解决合同纠纷的一种方式。仲裁是现代世界各国普遍设立的解决争议的一种法律制度、合同争议的仲裁是各国商贸活动中通行的惯例。根据我国《仲裁法》规定，通过仲裁解决的争议事项，一般仅限于在经济、贸易、海事、运输和劳动中产生的纠纷。如果是因人身关系和与人身关系相联系的财产关系而产生的纠纷则不能通过仲裁解决，而且依法应当由其他部门处理的行政争议，也不能通过仲裁解决。

4、诉讼。如果当事人一方不愿仲裁，则不能采用仲裁的方式，而只能采用诉讼的方式来解决双方当事人之间的争议。所以，诉讼是解决合同纠纷的最终形式。所谓合同纠纷诉讼是指人民法院根据合同当事人的请求，在所有诉讼参与人的参加下，审理和解决合同争议的活动，以及由此而产生的一系列法律关系的总和。

当发生合同纠纷时，当事人可以通过和解、调解、仲裁或者诉讼等方式解决合同纠纷，维护自身合法利益。不同的纠纷解决机制有不同的特点，当事人可以通过自身实际需求进行选择。

《中华人民共和国仲裁法》第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条

起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。

书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。

第一百二十五条

当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。