首先我们来探讨资本公积的概念内涵。

根据会计准则规定，资本公积是指企业在生产运营过程中所获得的，源于诸如赠予收入、股份溢价及法律认可的财产估值增益等各个方面的储备资金。它是独立于企业盈利状况之外，仅与企业资本结构有关联的一种金融负债。而留存收益则是指由历年来企业实现的净利润所积累或形成的，作为企业内部积淀保留下来的资源。

接下来，让我们对两者之间的具体内容进行深入解析。资本公积主要涵盖了资本（股本）溢价、其他资本公积、资产评估增值以及资本折算差额四大类。

其中，资本溢价是指公司发行权益性债券时，其实际售价高于所有者权益总额的部分；其他资本公积则包括了可供出售的金融资产公允价值变动、长期股权投资权益法下被投资单位净利润以外的变动等多种情况。

至于留存收益，它主要包括了企业的盈余公积金和未分配利润两大部分。盈余公积是指企业按照特定用途所累积的盈余，包括法定盈余公积和任意盈余公积两种类型。法定盈余公积是企业按照法律规定的比例，从净利润中提取出来的盈余公积；任意盈余公积则是依据股东会或股东大会的决议提取的盈余公积；而未分配利润则是尚未指定用途的累积盈余。

最后，我们来看一下在会计科目设置上，这两者存在哪些差异。对于资本公积，我们需要设立“资本公积”这个总账科目，用以记录资本公积的增减变动情况。

同时，为了更清晰地反映各类不同性质的资本公积的增减变动情况，还需按照资本公积的类别，进一步细分为“资本（或股本）溢价”、“接受捐赠非现金资产准备”、“股权投资准备”、“拨款转入”、“关联交易差价”以及“其他资本公积”等多个明细科目。而对于留存收益，我们则需要设立“盈余公积”这个科目，用于核算盈余公积的提取和使用等增减变动情况。在此基础上，我们还可以在“盈余公积”科目下再细分出“法定盈余公积”、“任意盈余公积”以及“法定公益金”三个子科目，以便更加详细地记录企业从净利润中提取的各项盈余公积及其使用情况。

《公司法》第168条规定，公积金可用于转增注册资本。

《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函［2010］79号）第四／二款，被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。

《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发［1997］198号）第一条，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。《关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》（国税函［1998］第289号）中指明，198号文件中所述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》（国税发［2010］54号）第二条第二款规定，对以除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。