1、我国现行的《环境保护法》虽然确立了环境污染损害的赔偿制度，但这一法律制度没有制定相应的实施细则，界定什么是环境污染损害、损害程度的判断标准及认定、污染损害赔偿的原则、程序、如何计量等。因此，在实践中无论是双方当事人协商、环保部门及相关部门处理，还是人民法院判决，都没有相应的原则、程序、标准可循，使得环境污染损害赔偿制度在一定程度上难以保证有效实施。

2、《环境保护法》规定只对环境污染造成的直接损失赔偿，并不是对所有的环境污染损害都进行赔偿，间接的或潜在的损失是否赔偿，法律未做规定。然而环境污染损害除了表现为直接的人体健康或财物损害外，往往还会造成间接的、潜在的或长期的、不能即时表现出来的环境或人体健康损害。这种环境污染损害既难以估量，又无法准确预测或推算，并要在很多年以后才能显现出来。现行环境法律制度规定只对直接损害赔偿，而环境污染造成的间接的、潜在的、远期的影响就得不到赔偿。这不但损害了受损人的环境权益，又使环境污染者逃避了应负的环境责任。

3、《环境保护法》虽然规定了环境污染受损人可以就污染损害赔偿事项向人民法院起诉，要求得到赔偿。但是环境污染的损害对象有时是具体的个体，更多的时候损害对象是群体性的，即损害的是国家利益和公众利益。对国家和公众的环境权益损害，目前还没有一个具体的主体作为公众或国家环境权益的代表，承担国家或公众环境权益损害赔偿向人民法院起诉的权利和义务，现行的有关法律对此也没有明确的规定。因此，在实践中当环境污染造成群体性的公众环境权益损害或国家环境权益损害时，没有一个人或单位能够代表受损的公众或国家向人民法院提起环境污染赔偿诉讼，在一定程度上不利于公众或国家环境权益得到有效的法律保障。

多年来的实践已经表明，由于我国环境污染损害赔偿制度的不完善，与《环境保护法》配套的环境污染损害赔偿制度实施方面的法律法规缺失，加之在一些地方仍然存在”有法不依、执法不严”的现象，以致环境污染损害赔偿制度的全面实施大打折扣。