不可以作废。但在补充合同中可以约定当补充合同生效时，原合同的部分内容无效、作废；或者是因为原合同履行时当事人存在违约行为，导致原合同的部分内容无效，那么在补充协议中，双方当事人要协商一致撰写清楚违约行为导致内容无效的部分。

补充合同是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充合同条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充合同为准，但原合同明示不得变更的条款，补充合同中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

那么补充合同存在的前提就是原合同已经生效，但可能原合同在拟订时内容约定不明确，或者存在漏洞，所以进行补充而达成协议。如果原合同作废，那么补充合同可能也会跟着无效。如果原合同作废，重新立的合同是新合同，而不是补充合同。

一、合同内容审查要点

（1）合同的合法性；

包括：当事人有无签订、履行该合同的权利能力和行为能力；合同内容是否符合国家法律、法规、政策和本《制度》规定；当事人的意思表示是否真实、一致；权利、义务是否平等；订约程序是否符合法律规定。

（2）合同的严密性；

包括：合同应具备的条款是否齐全；当事人双方的权利、义务是否具体、明确；文字表述是否确切无误。

（3）合同的可行性；

包括：当事人双方特别是对方是否具备履行合同的能力、条件；可能承担的法律风险；合同非正常履行时可能遭受的经济损失。

二、影响合同效力的因素有哪些

1、法律因素

立法者的价值取向不是一成不变的，在不同的经济和社会发展阶段，适时的对价值体系做出调整是必要的。由于立法的变化、新法的实施及旧法的废止，导致成立的合同因适用新旧法，效力认定上出现不同结果。如：成立的合同依据成立时的法律为有效合同，而在合同关系存续期间，依据新实施的法律为无效合同等。

2、影响合同效力的法律外的其它事实

影响合同效力的法律外的其它事实在合同关系存续期间发生变化也会带来合同效力的变化。如：在可撤销合同中，在诉讼进行中，对方对欺诈事项进行补救，消除欺诈因素，即赖以撤销合同的因素不复存在。这些因素往往是合同外部事实，诸如追认行为、事后取得处分权事实、签订合同后取得签订合同的主体资格等。

3、法律因素及影响合同效力的法律外的其它事实共同作用

即在合同存续期间，同时存在法律因素及影响合同效力的法律外的其它事实的变化。